PDB-6gnr: Crystal Structure Of Sea Bream Transthyretin in complex with 2-(3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gnr

タイトル

Crystal Structure Of Sea Bream Transthyretin in complex with 2-(3-chloro-2-methylanilino)pyridine-3-carboxylic acid (Clonixin)

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transthyretin / thyroxine disrupting chemicals / TDCs / 2-(3-chloro-2-methylanilino)pyridine-3-carboxylic acid / clonixin

機能・相同性

機能・相同性情報

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Sparus aurata (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Grundstrom, C. / Zhang, J. / Olofsson, A. / Andersson, P.L. / Sauer-Eriksson, A.E.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Environ. Sci. Technol. / 年: 2018
タイトル: Interspecies Variation between Fish and Human Transthyretins in Their Binding of Thyroid-Disrupting Chemicals.
著者: Zhang, J. / Grundstrom, C. / Brannstrom, K. / Iakovleva, I. / Lindberg, M. / Olofsson, A. / Andersson, P.L. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2018年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gnr.cif.gz	116 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gnr.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gnr_validation.pdf.gz	1014.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gnr_full_validation.pdf.gz	1014.3 KB	表示
XML形式データ	6gnr_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6gnr_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gnmC 6gnoC 6gnpC 6gnwC 6gonC 6gooC 6gr7C 6grpC 1sn2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6goo-1 6gnm-d 6gon-d 1sn2-d 5cr1-1 6gnw-d 5u4a-1 6gno-1 1z7j-1 4i87-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.678, 59.678, 115.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- 6J3
2	1	B-486- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin 分子量: 14455.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sparus aurata (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTT3
#2: 化合物	ChemComp-6J3 / 2-(3-chloro-2-methylanilino)pyridine-3-carboxylic acid / クロニキシン分子量: 262.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁ClN₂O₂ / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Purified SaTTR in 100 mM NaCl and 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, was concentrated to 5 mg per ml. Clonixin was added at 5 x molar excess to the protein. The reservoir contained 2 M AmSO4, 0.1 M ...詳細: Purified SaTTR in 100 mM NaCl and 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, was concentrated to 5 mg per ml. Clonixin was added at 5 x molar excess to the protein. The reservoir contained 2 M AmSO4, 0.1 M NaAc, pH 4.6. Drop size 3 plus 3 microliter

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.21 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Purified SaTTR in 100 mM NaCl and 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, was concentrated to 5 mg per ml. Clonixin was added at 5 x molar excess to the protein. The reservoir contained 2 M AmSO4, 0.1 M ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.2 Å / Num. obs: 47720 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.921 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2484 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1sn2

1sn2

解像度: 1.4→47.189 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	2314	4.85 %
R_work	0.1363	-	-
obs	0.138	47670	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1744	0	36	362	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.971	2682
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.355	672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4286	0.2387	128	0.1789	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4286-1.4597	0.2825	150	0.1934	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4597-1.4936	0.2106	157	0.1726	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4936-1.531	0.1946	111	0.1537	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.531-1.5724	0.1664	152	0.1308	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5724-1.6187	0.1741	122	0.1212	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6187-1.6709	0.1797	101	0.1235	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6709-1.7306	0.1929	167	0.1238	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7999	0.1906	146	0.1288	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7999-1.8818	0.1828	141	0.1267	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8818-1.981	0.1556	118	0.1164	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.981-2.1052	0.1683	112	0.1215	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1052-2.2677	0.1523	145	0.1158	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.4959	0.1677	127	0.1224	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4959-2.857	0.1605	123	0.1381	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.857-3.5994	0.1744	174	0.1384	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5994-47.2156	0.1512	140	0.1529	2882	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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