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- PDB-6fx0: Structure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and sele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fx0
タイトルStructure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and selective RAR gamma agonist for the treatment of acne
要素Retinoic acid receptor gamma
キーワードSIGNALING PROTEIN / retinoic ligand complex / drug design / selectivity / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of chondrocyte differentiation ...regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / regulation of cell size / face development / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of stem cell proliferation / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell proliferation / neural tube closure / Nuclear Receptor transcription pathway / multicellular organism growth / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E9T / Retinoic acid receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chantalat, L. / Thoreau, E.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Structure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and selective RAR gamma agonist for the treatment of acne.
著者: Thoreau, E. / Arlabosse, J.M. / Bouix-Peter, C. / Chambon, S. / Chantalat, L. / Daver, S. / Dumais, L. / Duvert, G. / Feret, A. / Ouvry, G. / Pascau, J. / Raffin, C. / Rodeville, N. / Soulet, ...著者: Thoreau, E. / Arlabosse, J.M. / Bouix-Peter, C. / Chambon, S. / Chantalat, L. / Daver, S. / Dumais, L. / Duvert, G. / Feret, A. / Ouvry, G. / Pascau, J. / Raffin, C. / Rodeville, N. / Soulet, C. / Tabet, S. / Talano, S. / Portal, T.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9983
ポリマ－50,4051
非ポリマー5932
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.060, 60.060, 157.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor gamma / RAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 3


分子量: 50404.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARG, NR1B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13631
#2: 化合物 ChemComp-E9T / 6-[3-(1-adamantyl)-4-oxidanyl-phenyl]naphthalene-2-carboxylic acid


分子量: 398.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: SODIUM ACETATE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23093 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Net I/σ(I): 39.59
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 15.1 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→14.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1153 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 23058 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2572 Å20 Å20 Å2
2---0.2572 Å20 Å2
3---0.5145 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→14.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 43 294 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012011HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972730HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d747SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes310HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2011HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion268SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2665SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 131 4.98 %
Rwork0.3499 2500 -
all0.3552 2631 -
obs--93.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.409 Å / Origin y: -8.5874 Å / Origin z: -14.0715 Å
111213212223313233
T0.0444 Å20.0329 Å2-0.0117 Å2-0.0772 Å2-0.0082 Å2--0.0669 Å2
L0.9817 °20.4098 °2-0.3717 °2-0.6799 °2-0.2742 °2--1.5725 °2
S-0.0211 Å °-0.0059 Å °-0.0531 Å °0.0216 Å °-0.0015 Å °-0.0183 Å °-0.0197 Å °-0.108 Å °0.0225 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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