PDB-6elf: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6elf

タイトル

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.832 Å

データ登録者

Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Herud-Sikimic, O. / Juergens, G. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A biosensor for the direct visualization of auxin
著者: Herud-Sikimic, O. / Stiel, A.C. / Kolb, M. / Shanmugaratnam, S. / Berendzen, K.W. / Feldhaus, C. / Hocker, B. / Juergens, G.

履歴

登録	2017年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6elf.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6elf.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6elf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6elf_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6elf_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	6elf_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	6elf_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/6elf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ejwC 6ejzC 6ekpC 6elbC 6elgC 6eniC 6ennC 1troS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6elg-d 6eni-d 6elb-d 6enn-d 4ppv-d 4ppu-d 5tm0-1 6ekp-d 3qwn-10 3qwn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.960, 63.410, 64.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 13557.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID 分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 12 % PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月16日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→34.969 Å / Num. obs: 20421 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.535 % / B_iso Wilson estimate: 28.71 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 17.67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.83-1.88	11.14	2.186	1.21	1421	0.76	2.292	95.1
1.88-1.93	11.589	0.845	3.13	1462	0.86	0.885	99.7
1.93-1.99	13.252	0.777	3.72	1404	0.903	0.809	100
1.99-2.05	13.443	0.488	5.74	1368	0.958	0.507	100
2.05-2.12	13.508	0.359	8.33	1354	0.972	0.373	100
2.12-2.19	13.536	0.301	10.2	1292	0.987	0.313	99.9
2.19-2.27	13.416	0.221	13.69	1245	0.989	0.23	99.9
2.27-2.37	13.237	0.212	14.21	1201	0.991	0.221	100
2.37-2.47	13.011	0.168	16.69	1151	0.995	0.174	99.9
2.47-2.59	12.262	0.155	18.3	1122	0.993	0.161	99.7
2.59-2.73	11.071	0.121	20.48	1042	0.996	0.127	99.7
2.73-2.9	12.993	0.104	24.55	1005	0.996	0.108	99.9
2.9-3.1	13.302	0.082	29.41	950	0.998	0.085	100
3.1-3.34	12.931	0.07	33.27	874	0.999	0.072	100
3.34-3.66	12.222	0.058	37.62	827	0.998	0.061	99.6
3.66-4.1	11.48	0.055	38.69	743	0.998	0.057	99.9
4.1-4.73	10.801	0.05	39.78	669	0.999	0.053	99.9
4.73-5.79	10.415	0.048	39.06	566	0.999	0.05	99.3
5.79-8.19	12.792	0.045	43.58	456	0.999	0.046	100
8.19-34.969	11.052	0.052	43.49	269	0.997	0.055	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.87 Å	34.97 Å
Translation	5.87 Å	34.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tro

1tro

解像度: 1.832→34.969 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	1021	5 %
R_work	0.1773	-	-
obs	0.1792	20417	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.12 Å² / B_iso mean: 36.0587 Å² / B_iso min: 15.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.832→34.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	26	155	1882
B_iso mean	-	-	31.31	42.35	-
残基数	-	-	-	-	209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.202	2375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.202	1069

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8322-1.9288	0.3645	140	0.3351	2673	2813	97
1.9288-2.0496	0.2821	143	0.2395	2722	2865	100
2.0496-2.2078	0.257	146	0.1853	2757	2903	100
2.2078-2.43	0.2214	144	0.1674	2745	2889	100
2.43-2.7814	0.2319	146	0.181	2764	2910	100
2.7814-3.5038	0.2079	147	0.1778	2805	2952	100
3.5038-34.9755	0.1847	155	0.1533	2930	3085	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4374	-0.6353	5.2032	0.0605	-0.6406	5.5174	-0.0288	0.2987	0.2998	0.0492	-0.0735	-0.2654	0.0716	0.2896	-0.1508	0.2302	0.0174	-0.012	0.2274	0.0045	0.2331	54.0921	12.525	41.3921
2	0.8211	0.1912	0.2905	5.9715	1.1912	2.1667	0.0085	-0.0052	0.2423	0.1938	-0.0262	0.3351	-0.1948	-0.0355	0.0454	0.1553	0.0187	0.0019	0.2194	-0.0084	0.2063	39.0102	29.4917	41.856
3	6.4561	-0.9677	-6.8919	0.0235	0.5241	6.7103	0.0083	0.2794	0.2281	0.0511	0.0317	0.2101	-0.0321	-0.2517	-0.0606	0.2295	0.0068	0.0029	0.2229	-0.0269	0.2582	28.7062	23.0716	39.0647
4	0.9421	0.3883	-0.5277	4.7101	-3.133	3.6125	0.0807	-0.1775	-0.135	0.274	-0.285	-0.2672	0.0286	0.2435	0.2947	0.1849	-0.0022	-0.0223	0.2788	0.0209	0.1905	47.3069	9.0951	45.1227
5	4.43	-0.1081	-1.0038	3.5652	-1.5844	2.0229	-0.0431	0.3554	-0.1774	-0.1702	0.1653	0.2505	0.6062	-0.4933	-0.0571	0.1823	-0.0158	-0.0073	0.1889	0.0069	0.1844	37.6176	1.1764	40.9307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 31 )	B	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 32 through 105 )	B	32 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2 through 31 )	A	2 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 32 through 78 )	A	32 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 106 )	A	79 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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