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- PDB-6bzh: Structure of mouse RIG-I tandem CARDs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bzh
タイトルStructure of mouse RIG-I tandem CARDs
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
キーワードHYDROLASE / CARD RIG-I DEAD-box RNA Helicases
機能・相同性
機能・相同性情報


OAS antiviral response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / ISG15 antiviral mechanism / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / detection of virus / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity ...OAS antiviral response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / ISG15 antiviral mechanism / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / detection of virus / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / antiviral innate immune response / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / ruffle membrane / response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / actin cytoskeleton / double-stranded DNA binding / gene expression / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain ...RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kershaw, N.J. / D'Cruz, A.A. / Babon, J.J. / Nicholson, S.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Heath and Medical Research Council オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Identification of a second binding site on the TRIM25 B30.2 domain.
著者: D'Cruz, A.A. / Kershaw, N.J. / Hayman, T.J. / Linossi, E.M. / Chiang, J.J. / Wang, M.K. / Dagley, L.F. / Kolesnik, T.B. / Zhang, J.G. / Masters, S.L. / Griffin, M.D.W. / Gack, M.U. / Murphy, ...著者: D'Cruz, A.A. / Kershaw, N.J. / Hayman, T.J. / Linossi, E.M. / Chiang, J.J. / Wang, M.K. / Dagley, L.F. / Kolesnik, T.B. / Zhang, J.G. / Masters, S.L. / Griffin, M.D.W. / Gack, M.U. / Murphy, J.M. / Nicola, N.A. / Babon, J.J. / Nicholson, S.E.
履歴
登録2017年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
E: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,94812
ポリマ－113,5945
非ポリマー3557
水61334
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,23011
ポリマ－90,8754
非ポリマー3557
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area32830 Å2
2
E: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7191
ポリマ－22,7191
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.190, 97.560, 113.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / DEAD box protein 58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG- ...DEAD box protein 58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / Retinoic acid-inducible gene I protein / RIG-I


分子量: 22718.746 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ddx58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Q899, RNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulphate 26% w/v polyethylene glycol 3350 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95371 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→73.926 Å / Num. obs: 35016 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 34.06 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.1824 / Net I/σ(I): 8.73
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / CC1/2: 0.466 / Rrim(I) all: 1.379

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A2Q

4a2q


解像度: 2.5→73.926 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1970 5.63 %
Rwork0.226 --
obs0.2289 35014 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→73.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 19 34 7688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50110521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1074747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56260.33561360.30752226X-RAY DIFFRACTION96
2.5626-2.63190.37541420.3262340X-RAY DIFFRACTION100
2.6319-2.70930.38461270.31052353X-RAY DIFFRACTION100
2.7093-2.79680.37371400.29292324X-RAY DIFFRACTION100
2.7968-2.89670.33051490.28732349X-RAY DIFFRACTION100
2.8967-3.01270.32381370.25742355X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.14980.31811330.25682357X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.31590.30731420.24922343X-RAY DIFFRACTION100
3.3159-3.52360.29491400.22512359X-RAY DIFFRACTION100
3.5236-3.79570.27791460.20682377X-RAY DIFFRACTION100
3.7957-4.17760.20921480.1822358X-RAY DIFFRACTION99
4.1776-4.7820.21971240.16632415X-RAY DIFFRACTION100
4.782-6.02450.23061460.1962413X-RAY DIFFRACTION99
6.0245-73.95870.23231600.20172475X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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