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- PDB-6at8: 1.1 Angstrom Resolution Structure of Human Cellular Retinol-Bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6at8
タイトル1.1 Angstrom Resolution Structure of Human Cellular Retinol-Binding Protein IV
要素Retinoid-binding protein 7
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Retinol / Lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Retinoid-binding protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.105 Å
データ登録者Silvaroli, J.A. / Pleshinger, M.J. / Kiser, P.D. / Golczak, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY023948 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.1 Angstrom Resolution Structure of Human Cellular Retinol-Binding Protein IV
著者: Silvaroli, J.A. / Pleshinger, M.J. / Kiser, P.D. / Golczak, M.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月11日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoid-binding protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0923
ポリマ－15,8941
非ポリマー1982
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.820, 57.334, 68.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

21A-450-

HOH

31A-479-

HOH

41A-489-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinoid-binding protein 7 / Cellular retinoic acid-binding protein 4 / CRBP4 / Cellular retinoic acid-binding protein IV / CRABP-IV


分子量: 15894.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96R05
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris/HCl, 25% PEG3350 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.105→29.19 Å / Num. obs: 49226 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.035 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.105→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique obs: 5474 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.09 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LPJ

1lpj


解像度: 1.105→29.19 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1492 2363 4.8 %
Rwork0.1255 --
obs0.1267 49226 94.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.105→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1083 0 13 231 1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9711691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.275509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.105-1.12720.1468730.12811581X-RAY DIFFRACTION54
1.1272-1.15180.13281090.10892414X-RAY DIFFRACTION82
1.1518-1.17850.11941250.10342557X-RAY DIFFRACTION89
1.1785-1.2080.13151330.10592763X-RAY DIFFRACTION94
1.208-1.24070.13151280.10762807X-RAY DIFFRACTION94
1.2407-1.27720.12361440.10722768X-RAY DIFFRACTION97
1.2772-1.31840.13951570.10712819X-RAY DIFFRACTION98
1.3184-1.36550.14451770.1032858X-RAY DIFFRACTION99
1.3655-1.42020.13421530.1072887X-RAY DIFFRACTION99
1.4202-1.48480.13161340.10692901X-RAY DIFFRACTION99
1.4848-1.56310.14291390.10372930X-RAY DIFFRACTION100
1.5631-1.6610.14281370.10772939X-RAY DIFFRACTION100
1.661-1.78930.12971410.11412906X-RAY DIFFRACTION100
1.7893-1.96930.14041670.11772919X-RAY DIFFRACTION100
1.9693-2.25420.13671400.12022937X-RAY DIFFRACTION100
2.2542-2.83970.17681450.13982933X-RAY DIFFRACTION100
2.8397-29.20050.16321610.14752944X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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