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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aqs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase (V181D) mutant complexed with DADMe-ImmG and phosphate | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Plasmodium falciparum / purine nucleoside phosphorylase (PNP) / Phosphorylase / PNP mutant / DADMe-ImmG | ||||||
機能・相同性 | ![]() Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Namanja-Magliano, H.A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Genetic resistance to purine nucleoside phosphorylase inhibition in 著者: Ducati, R.G. / Namanja-Magliano, H.A. / Harijan, R.K. / Fajardo, J.E. / Fiser, A. / Daily, J.P. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26994.191 Da / 分子数: 1 / 変異: V181D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PNP / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8T9Z7, UniProt: Q8I3X4*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-IM5 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM tri-sodium citrate, pH 5.6, 200 mM ammonium sulfate, 15% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月9日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→45.19 Å / Num. obs: 33133 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1621 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3PHC 解像度: 1.57→45.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.783 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→45.19 Å
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拘束条件 |
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