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- PDB-6a6j: Crystal structure of Zebra fish Y-box protein1 (YB-1) Cold-shock ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a6j
タイトルCrystal structure of Zebra fish Y-box protein1 (YB-1) Cold-shock domain in complex with 6mer m5C RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
  • Zebra fish Y-box protein1 (YB-1)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / OB-fold / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / Interferon gamma signaling / establishment of RNA localization / egg activation / tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation ...negative regulation of mRNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / Interferon gamma signaling / establishment of RNA localization / egg activation / tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Noncanonical activation of NOTCH3 / RNA transport / CRD-mediated mRNA stabilization / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / chordate embryonic development / histone pre-mRNA 3'end processing complex / embryonic morphogenesis / U12-type spliceosomal complex / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization / methyl-CpG binding / cellular response to interleukin-7 / oocyte maturation / miRNA binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of cell division / negative regulation of cellular senescence / epidermis development / negative regulation of translational initiation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / P-body / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / mRNA processing / Interferon gamma signaling / cytoplasmic stress granule / sequence-specific double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / GTPase binding / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / nucleic acid binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / synapse / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Y-box-binding protein 1 / Y-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.255 Å
データ登録者Zhang, M.M. / Wu, B.X. / Huang, Y. / Ma, J.B.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Maternal mRNA Decay.
著者: Yang, Y. / Wang, L. / Han, X. / Yang, W.L. / Zhang, M. / Ma, H.L. / Sun, B.F. / Li, A. / Xia, J. / Chen, J. / Heng, J. / Wu, B. / Chen, Y.S. / Xu, J.W. / Yang, X. / Yao, H. / Sun, J. / Lyu, C. ...著者: Yang, Y. / Wang, L. / Han, X. / Yang, W.L. / Zhang, M. / Ma, H.L. / Sun, B.F. / Li, A. / Xia, J. / Chen, J. / Heng, J. / Wu, B. / Chen, Y.S. / Xu, J.W. / Yang, X. / Yao, H. / Sun, J. / Lyu, C. / Wang, H.L. / Huang, Y. / Sun, Y.P. / Zhao, Y.L. / Meng, A. / Ma, J. / Liu, F. / Yang, Y.G.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zebra fish Y-box protein1 (YB-1)
B: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
C: Zebra fish Y-box protein1 (YB-1)
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0406
ポリマ－23,9094
非ポリマー1312
水91951
1
A: Zebra fish Y-box protein1 (YB-1)
B: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0203
ポリマ－11,9542
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
2
C: Zebra fish Y-box protein1 (YB-1)
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0203
ポリマ－11,9542
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.201, 60.866, 56.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Zebra fish Y-box protein1 (YB-1) / Ybx1 protein


分子量: 10127.321 Da / 分子数: 2 / 断片: cold-shock domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ybx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5DE31, UniProt: P67809*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')


分子量: 1827.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.16 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05M Zinc acetate, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 7519 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 7.38
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.255→27.21 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 754 10.03 %
Rwork0.2247 --
obs0.2295 7519 44.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.255→27.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 206 2 51 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1332248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.12620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.255-2.4290.29651070.2691931X-RAY DIFFRACTION30
2.429-2.67330.3611600.27061337X-RAY DIFFRACTION44
2.6733-3.05960.31161560.25121536X-RAY DIFFRACTION49
3.0596-3.85310.28521630.21811468X-RAY DIFFRACTION48
3.8531-27.21150.2221680.19881493X-RAY DIFFRACTION49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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