PDB-5yym: Crystal structures of E.coli arginyl-trna synthetase (argrs) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yym

タイトル

Crystal structures of E.coli arginyl-trna synthetase (argrs) in complex with substrate Arg

要素

Arginine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / BACTERIAL AMINOACYL-TRNA SYNTHETASES / TRNA ARGINYLATION / DEGENERATED CLASS I SIGNATURE SEQUENCES / TRNA(ARG) IDENTITY ELEMENTS / CONFORMATIONAL ADAPTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhou, M. / Ye, S. / Stephen, P. / Zhang, R.G. / Wang, E.D. / Giege, R. / Lin, S.X.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures Of E.Coli Arginyl-Trna Synthetase (Argrs) In Complex With Substrates
著者: Zhou, M. / Ye, S. / Stephen, P. / Zhang, R.G. / Wang, E.D. / Giege, R. / Lin, S.X.

履歴

登録	2017年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yym.cif.gz	475.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yym.ent.gz	391.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yym_validation.pdf.gz	874.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yym_full_validation.pdf.gz	887.7 KB	表示
XML形式データ	5yym_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	5yym_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yynC 1bs2S 4qtw PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ao8-d 3nte-d 1iq0-d 3aaa-d 5jld-d 2ws9-d 6cs6-d 5lku-d 7dsa-d 2zoe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine--tRNA ligase

B: Arginine--tRNA ligase

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Arginine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.727, 244.510, 52.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginine--tRNA ligase / Arginyl-tRNA synthetase / ArgRS 分子量: 65775.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: argS, b1876, JW1865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11875, arginine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 22% PEG8 000, 0.1 M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 57753 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BS2

1bs2

解像度: 2.2→40.75 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	2903	5.03 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.199	57753	91.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9097	0	24	487	9608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.698	12554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.408	3462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2361	0.3748	115	0.2516	2467	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2361-2.2746	0.2986	138	0.2345	2480	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2746-2.316	0.2659	138	0.2233	2423	X-RAY DIFFRACTION	86
2.316-2.3605	0.2711	111	0.2158	2522	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3605-2.4087	0.2585	141	0.2207	2467	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4087-2.4611	0.3122	129	0.2188	2541	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4611-2.5183	0.2975	156	0.2158	2540	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5183-2.5813	0.2592	139	0.2172	2565	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5813-2.6511	0.2909	124	0.2208	2598	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6511-2.7291	0.3049	134	0.221	2616	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7291-2.8171	0.2655	138	0.2184	2585	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8171-2.9178	0.2877	123	0.2092	2738	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9178-3.0346	0.2825	120	0.2207	2695	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0346-3.1726	0.2868	171	0.2274	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1726-3.3398	0.2794	148	0.2071	2771	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3398-3.549	0.2604	137	0.1955	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
3.549-3.8228	0.2111	168	0.1751	2708	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8228-4.2071	0.2151	149	0.1666	2654	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2071-4.8151	0.201	126	0.1552	2686	X-RAY DIFFRACTION	93
4.8151-6.0633	0.2289	169	0.1869	2615	X-RAY DIFFRACTION	93
6.0633-40.7586	0.2197	129	0.1827	2680	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1479	-0.0272	0.9311	2.7795	-0.1134	1.2362	0.1295	0.0593	0.3533	0.3392	-0.2191	-0.7296	-0.0888	0.3141	0.202	0.3439	-0.0618	-0.0512	0.3313	0.0883	0.4186	35.5628	94.3328	31.0662
2	0.8675	-0.9059	-0.1169	1.7492	0.6128	0.9819	0.0843	0.1277	0.0488	-0.1543	-0.123	0.2632	-0.1787	-0.1964	0.0063	0.2706	0.017	-0.0013	0.2673	-0.0521	0.2944	0.0536	127.4208	25.2648
3	1.7187	-0.5481	0.0139	2.7125	1.1347	2.2938	0.0515	0.2924	-0.1417	-1.0271	-0.1129	0.2288	-0.2534	0.0498	-0.0147	0.5616	0.0249	-0.1127	0.1863	-0.0566	0.2566	8.655	118.6035	13.8257
4	1.2063	-0.1486	0.5196	4.4004	1.0625	2.2288	0.0471	0.0447	0.0548	-0.2698	-0.1611	0.0929	-0.0256	-0.066	0.0943	0.2321	-0.0047	0.0214	0.2176	-0.02	0.1217	12.8933	93.6668	13.3589
5	2.124	1.0334	-0.7254	2.6763	0.5261	1.8954	0.0789	-0.1094	-0.0993	0.3657	-0.4118	0.7299	0.3576	-0.5441	0.2992	0.4904	-0.1073	0.0975	0.3837	-0.1399	0.4157	-6.5212	67.2908	56.8339
6	2.6664	-2.9795	0.1784	5.5351	0.0765	0.8685	0.2129	0.1315	-0.0299	-0.2262	-0.1362	-0.1194	-0.0142	0.1896	-0.1413	0.2606	-0.0477	0.0042	0.1956	0.0054	0.1896	28.3077	43.0326	48.3556
7	1.2745	-0.5828	-0.2792	0.7419	-0.3829	1.0968	0.0831	0.1003	-0.2186	-0.1746	-0.0543	0.0374	0.1946	0.0407	-0.0187	0.4236	-0.0404	-0.0043	0.2362	0.0187	0.2963	25.0149	30.1991	52.9009
8	0.6783	-0.6743	-0.2728	3.9449	-0.1956	1.9113	0.0234	0.1428	-0.0313	-0.664	-0.1564	-0.2832	0.4745	0.1575	0.0736	0.4578	0.034	0.0462	0.2736	0.0214	0.1888	21.512	60.1245	32.8153
9	1.0454	-0.5219	-0.2174	5.3431	-0.7098	2.3788	0.0313	-0.0014	0.0006	-0.0321	-0.0734	0.1823	-0.0672	-0.0892	0.066	0.2153	-0.0194	0.0058	0.1945	-0.0381	0.1165	12.9922	70.3284	42.4031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -7:100 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 101:338 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 339:413 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND (RESID 414:577 OR RESID 1001:1001 ) )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID -6:101 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 102:191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 192:371 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 372:490 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND (RESID 491:577 OR RESID 1001:1001 ) )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)