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万見
- PDB-5xr0: Crystal structure of Notched-fin eelpout type III antifreeze prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xr0
タイトルCrystal structure of Notched-fin eelpout type III antifreeze protein A20T mutant (NFE6, AFP), P21 form
要素Ice-structuring protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
SAF domain / SAF / SAF domain / Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ice-structuring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zoarces elongatus (イワゲンゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Adachi, M. / Shimizu, R. / Shibazaki, C. / Kondo, H. / Tsuda, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Polypentagonal ice-like water networks emerge solely in an activity-improved variant of ice-binding protein
著者: Mahatabuddin, S. / Fukami, D. / Arai, T. / Nishimiya, Y. / Shimizu, R. / Shibazaki, C. / Kondo, H. / Adachi, M. / Tsuda, S.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ice-structuring protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0361
ポリマ－7,0361
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)28.470, 33.319, 34.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ice-structuring protein / Antifreeze protein


分子量: 7036.317 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-88 / 変異: A20T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoarces elongatus (イワゲンゲ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53UJ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Na-Citrate pH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.905 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→50 Å / Num. obs: 37226 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 0.98→1.02 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XQN

5xqn


解像度: 0.98→31.86 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.121 1715 5.02 %
Rwork0.109 --
obs0.11 34155 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→31.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数480 0 0 164 644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.411689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.019195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9792-1.0080.19551400.17912575X-RAY DIFFRACTION96
1.008-1.04060.17331420.14622714X-RAY DIFFRACTION100
1.0406-1.07780.13191420.12512679X-RAY DIFFRACTION99
1.0778-1.12090.11941470.10552655X-RAY DIFFRACTION99
1.1209-1.17190.12361290.09842696X-RAY DIFFRACTION99
1.1719-1.23370.09181470.09012723X-RAY DIFFRACTION99
1.2337-1.3110.09871410.09332696X-RAY DIFFRACTION99
1.311-1.41230.10541480.08522715X-RAY DIFFRACTION99
1.4123-1.55440.11761440.09022721X-RAY DIFFRACTION100
1.5544-1.77930.09911370.09222742X-RAY DIFFRACTION100
1.7793-2.24160.10461430.10182731X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-31.87210.13921550.12782793X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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