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万見
- PDB-5xe9: Crystal Structure of the Complex of the Peptidase Domain of Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xe9
タイトルCrystal Structure of the Complex of the Peptidase Domain of Streptococcus mutans ComA with a Small Molecule Inhibitor.
要素Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / peptidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species submerged biofilm formation / ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6CH / ABC transporter, ATP-binding protein ComA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.101 Å
データ登録者Ishii, S. / Fukui, K. / Yokoshima, S. / Kumagai, K. / Beniyama, Y. / Kodama, T. / Fukuyama, T. / Okabe, T. / Nagano, T. / Kojima, H. / Yano, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: High-throughput Screening of Small Molecule Inhibitors of the Streptococcus Quorum-sensing Signal Pathway
著者: Ishii, S. / Fukui, K. / Yokoshima, S. / Kumagai, K. / Beniyama, Y. / Kodama, T. / Fukuyama, T. / Okabe, T. / Nagano, T. / Kojima, H. / Yano, T.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA
B: Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1203
ポリマ－34,7082
非ポリマー4131
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.785, 59.764, 122.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA


分子量: 17353.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first methionine and the last 15 residues are not identified in the crystal structure.
由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_286 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8DW05
#2: 化合物 ChemComp-6CH / [(1~{S},2~{R},4~{S},5~{R})-5-[5-(4-methoxyphenyl)-2-methyl-pyrazol-3-yl]-1-azabicyclo[2.2.2]octan-2-yl]methyl ~{N}-propylcarbamate


分子量: 412.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM ammonium sulfate, 50mM bis-tris, 12.5%(w/v) polyethylene glycol 3,350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 6568 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 17.5 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)モデル構築
PHENIX(1.10.1_2155)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K8U

3k8u


解像度: 3.101→31.575 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 321 4.89 %
Rwork0.2463 --
obs0.2484 6560 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.101→31.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 30 8 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7022868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1991272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1007-3.90530.35451520.27613049X-RAY DIFFRACTION98
3.9053-31.57690.25221690.2323190X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33740.7772-0.27938.8132-0.0915.39910.0146-0.3036-0.1131.0792-0.43131.29910.4927-0.28490.21020.52420.06580.28180.1056-0.03480.5872-3.18330.022227.8165
24.5329-0.11650.4267.58911.33487.09740.46480.89830.2511-2.6788-0.14060.3329-0.5690.3668-0.02091.14270.0793-0.09420.58070.02830.30829.72835.16278.2091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 6:141)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 6:140)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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