+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w8o | |||||||||
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Title | Homoserine transacetylase MetX from Mycobacterium hassiacum | |||||||||
Components | Homoserine O-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-trans-acetylase / HTA / MetX / methionine biosynthesis / Rv3341 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium hassiacum | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.47 Å | |||||||||
Authors | Reed, R.W. / Rodriguez, E.S. / Li, J. / Korotkov, K.V. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Structural analysis of mycobacterial homoserine transacetylases central to methionine biosynthesis reveals druggable active site. Authors: Chaton, C.T. / Rodriguez, E.S. / Reed, R.W. / Li, J. / Kenner, C.W. / Korotkov, K.V. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w8o.cif.gz | 391.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w8o.ent.gz | 320.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w8o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5w8pC 6puxC 3i1iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38338.906 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 13-372 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: metX, C731_1248 / Plasmid: pCDF-NT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: K5B926, homoserine O-acetyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.89 % / Description: rectangular prism |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 0.15M CALCIUM ACETATE, 21% PEG3350, 3% 1,6-DIAMINOHEXANE, 0.05M CHES PH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2017 Details: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.47→47.584 Å / Num. obs: 118675 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.776 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 18.01 / Num. measured all: 448067 / Scaling rejects: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3I1I Resolution: 1.47→47.584 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / Phase error: 21.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.46 Å2 / Biso mean: 28.3645 Å2 / Biso min: 14.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.47→47.584 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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