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- PDB-5u4d: Wild-type Transthyretin in complex with 3-[(1E)-2-(2-Chloro-4-hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u4d
タイトルWild-type Transthyretin in complex with 3-[(1E)-2-(2-Chloro-4-hydroxyphenyl)ethenyl]benzoic Acid
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Boronic acids / Medicinal chemistry / stilbene / covalent ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XLO / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Windsor, I.W. / Smith, T.P. / Raines, R.T. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008349 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM044783 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1518160 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Stilbene Boronic Acids Form a Covalent Bond with Human Transthyretin and Inhibit Its Aggregation.
著者: Smith, T.P. / Windsor, I.W. / Forest, K.T. / Raines, R.T.
履歴
登録2016年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3674
ポリマ－27,8172
非ポリマー5492
水2,342130
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7338
ポリマ－55,6344
非ポリマー1,0994
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.207, 84.814, 64.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

XLO

21B-200-

XLO

31B-200-

XLO

41B-200-

XLO

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13908.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-XLO / 3-[(E)-2-(2-chloro-4-hydroxyphenyl)ethenyl]benzoic acid


分子量: 274.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / Mosaicity: 0.188 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.3 M Sodium Citrate, 3.0% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→38.5 Å / Num. obs: 35258 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.585.20.60717350.73199.5
1.58-1.615.90.5250.838199.9
1.61-1.646.20.4740.8821100
1.64-1.676.20.4350.8831100
1.67-1.716.20.3710.9231100
1.71-1.756.20.3030.941100
1.75-1.796.20.2520.9511100
1.79-1.846.20.2010.9731100
1.84-1.896.20.1570.9821100
1.89-1.956.30.1290.9861100
1.95-2.026.20.1190.9851100
2.02-2.16.20.1080.9911100
2.1-2.26.30.0910.9931100
2.2-2.326.30.080.9931100
2.32-2.466.30.0760.9951100
2.46-2.656.20.0750.994199.9
2.65-2.926.20.0720.9961100
2.92-3.346.20.0580.9961100
3.34-4.216.10.0450.998199.8
4.21-505.80.0380.998197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXphenix.refine: 1.9_1692精密化
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QGB

2qgb


解像度: 1.55→38.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.03 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 3474 9.87 %Random 10%
Rwork0.206 ---
obs0.21 35214 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91 Å2 / Biso mean: 26.4 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 38 130 1953
Biso mean--26.63 34.14 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.392679
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5489-1.57020.35581280.30331220134897
1.5702-1.59260.30411560.283512421398100
1.5926-1.61640.3071550.258912301385100
1.6164-1.64160.3231420.273612451387100
1.6416-1.66850.291320.273212761408100
1.6685-1.69730.32541350.253412441379100
1.6973-1.72820.28681470.250412561403100
1.7282-1.76140.31711320.24812441376100
1.7614-1.79740.27021510.243312661417100
1.7974-1.83640.25121240.235212351359100
1.8364-1.87920.27291420.237812721414100
1.8792-1.92620.23041070.228812811388100
1.9262-1.97820.27161520.220212581410100
1.9782-2.03640.27441340.225812711405100
2.0364-2.10220.23111400.218312421382100
2.1022-2.17730.22611270.200213011428100
2.1773-2.26450.22231340.204812651399100
2.2645-2.36750.22061460.203712721418100
2.3675-2.49230.27441450.207212691414100
2.4923-2.64840.25571480.214812631411100
2.6484-2.85280.27371210.214513091430100
2.8528-3.13980.24841490.203812901439100
3.1398-3.59390.21231470.178613051452100
3.5939-4.52680.22241340.158613191453100
4.5268-38.5110.20041460.19571365151197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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