PDB-5orm: Crystal structure of designed cPPR-Telo1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5orm

タイトル

Crystal structure of designed cPPR-Telo1

要素

cPPR-Telo1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / designer nucleic acid-binding proteins / pentatricopeptide repeat / telomerase

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Spahr, H. / Rackham, O.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council	FT0991008, FT0991113, DP140104111	オーストラリア
the National Health and Medical Research Council	APP1058442, APP1045677	オーストラリア
Cancer Council Western Australia		オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Modular ssDNA binding and inhibition of telomerase activity by designer PPR proteins.
著者: Spahr, H. / Chia, T. / Lingford, J.P. / Siira, S.J. / Cohen, S.B. / Filipovska, A. / Rackham, O.

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5orm.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5orm.ent.gz	135.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5orm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5orm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5orm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5orqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iit-3 5iit-2 5iit-1 6kmv-12 6kmv-2 6kmv-16 4jvy-d 5svg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cPPR-Telo1

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.380, 87.100, 91.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cPPR-Telo1 分子量: 38758.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100mM sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, and 40% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→86.4 Å / Num. obs: 40891 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.86 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.08-2.13	4.9	1.411	2415	0.674	0.695	1.581	79.8
9.3-86.4	10.4	0.091	562	0.995	0.029	0.096	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.28	データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.229 / SU R_free Blow DPI: 0.196 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.172

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	2061	5.04 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.243	40891	97 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.7 Å² / B_iso mean: 30.58 Å² / B_iso min: 6.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3739 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.4569 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.083 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.08→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2683	0	0	840	3523
B_iso mean	-	-	-	44.88	-
残基数	-	-	-	-	350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1002	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	73	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	379	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2712	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	357	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3673	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2712	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3650	HARMONIC	2	1.15
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.41
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.17

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.13 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	117	4.8 %
R_work	0.2502	2319	-
all	0.2497	2436	-
obs	-	-	79.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.3126 Å / Origin y: 87.1274 Å / Origin z: 15.641 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0178 Å²	-0.0071 Å²	0.0103 Å²	-	0.0344 Å²	-0.0145 Å²	-	-	-0.0304 Å²
L	0.0354 °²	-0.0754 °²	0.2578 °²	-	0 °²	-0.1003 °²	-	-	0.2148 °²
S	-0.1374 Å °	-0.0156 Å °	-0.0394 Å °	0.0332 Å °	0.0764 Å °	-0.0568 Å °	0.0329 Å °	0.0189 Å °	0.0611 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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