[日本語] English
万見
- PDB-5ofs: X-ray structure of a zinc binding GB1 mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofs
タイトルX-ray structure of a zinc binding GB1 mutant
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN BINDI
機能・相同性Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Rothlisberger, U. / Bozkurt, E. / Hovius, R. / Perez, M.A.S. / Browning, N.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation200020-146645 スイス
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Genetic Algorithm Based Design and Experimental Characterization of a Highly Thermostable Metalloprotein.
著者: Bozkurt, E. / Perez, M.A.S. / Hovius, R. / Browning, N.J. / Rothlisberger, U.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
C: Immunoglobulin G-binding protein G
D: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,89424
ポリマ－25,4924
非ポリマー1,40120
水3,873215
1
A: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6846
ポリマ－6,3731
非ポリマー3115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5573
ポリマ－6,3731
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6194
ポリマ－6,3731
非ポリマー2463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,03411
ポリマ－6,3731
非ポリマー66110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.452, 75.621, 51.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 61 / Label seq-ID: 1 - 56

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
抗体 , 1種, 4分子 ABCD

#1: 抗体
Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6373.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 235分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 70% MPD, 100 mM ZnSO4, 100 mM NaCI

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→42.37 Å / Num. all: 213389 / Num. obs: 739647 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.47 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 1.1→1.17 Å / 冗長度: 2.28 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. measured obs: 25076 / Num. unique all: 57166 / CC1/2: 0.811 / Rrim(I) all: 0.788 / % possible all: 68.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
ADDREFデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IGD

1igd


解像度: 1.1→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.921 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14501 5615 5 %RANDOM
Rwork0.12547 ---
obs0.12645 106704 95.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 69 215 2084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9492720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70234272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.09426.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34815341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0031.348931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9331.339927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5522.0291162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5512.0281163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0331.7441063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0311.7441063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3942.4951541
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.05318.5852340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.05318.5972341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.6133827
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.9025125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.67153884
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A36540.12
12B36540.12
21A35160.15
22C35160.15
31A35460.16
32D35460.16
41B34300.14
42C34300.14
51B34120.15
52D34120.15
61C35720.14
62D35720.14
LS精密化 シェル解像度: 1.102→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 283 -
Rwork0.281 5372 -
obs--66.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る