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- PDB-5nm5: Tubulin Darpin room-temperature structure in complex with Colchic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nm5
タイトルTubulin Darpin room-temperature structure in complex with Colchicine determined by serial millisecond crystallography
要素
  • Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / room-temperature / serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton ...positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LOC / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Weinert, T. / Olieric, N. / James, D. / Gashi, D. / Nogly, P. / Jaeger, K. / Steinmetz, M.O. / Standfuss, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Serial millisecond crystallography for routine room-temperature structure determination at synchrotrons.
著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / Dore, A.S. / Geng, T. / Cooke, R.M. / Liang, M. / Prota, A.E. / Panneels, V. / Nogly, P. / Ermler, U. / Schertler, G. / Hennig, M. / Steinmetz, M.O. / Wang, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
F: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6637
ポリマ－118,2733
非ポリマー1,3904
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.920, 85.020, 84.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1


分子量: 18068.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-24% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Methane pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→35 Å / Num. obs: 62424 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 194.5 % / Biso Wilson estimate: 48.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / R split: 0.0785 / Net I/σ(I): 5.19
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 3355 / CC1/2: 0.51 / R split: 2.3665 / % possible all: 49.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DRX

4drx


解像度: 2.05→31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Blow DPI: 0.178
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2855 4.83 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 59100 92.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9563 Å20 Å23.8643 Å2
2---1.9624 Å20 Å2
3---0.0061 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7697 0 90 74 7861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115639HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.128218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes217HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2385HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15639HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1059SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17383SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 134 5.32 %
Rwork0.274 2385 -
all0.273 2519 -
obs--53.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53170.0458-0.98760.7769-0.18731.65120.09540.01020.0076-0.03610.0275-0.0826-0.0710.0966-0.123-0.0424-0.01930.3054-0.2773-0.03150.0249106.174327.28148.7203
23.06530.3801-2.51211.0766-0.45023.144-0.2136-0.2818-0.33090.0029-0.03170.02670.23160.31240.2454-0.12410.03310.3054-0.32650.0562-0.05779.996514.099638.2911
33.0425-0.2476-2.32992.86260.7745.19960.01770.02260.0569-0.0725-0.02380.0436-0.001-0.18870.0061-0.1630.03880.2972-0.29160.0075-0.033347.645217.109355.4041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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