PDB-5nf4: The tip fimbrial protein Mfa3 from Porphyromonas gingivalis with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nf4

タイトル

The tip fimbrial protein Mfa3 from Porphyromonas gingivalis with C-terminal truncation.

要素

Minor fimbrium tip subunit Mfa3

キーワード

CELL ADHESION / FIMBRIA / ADHESIN / PERIODONTITIS

機能・相同性

Fimbrium subunit FimB/Mfa2/Mfa3 / Fimbrillin-A associated anchor proteins Mfa1 and Mfa2 / pilus tip / pilus / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / FORMIC ACID / Minor fimbrium tip subunit Mfa3

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.746 Å

データ登録者

Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K.

資金援助

スウェーデン,

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of shaft, anchor, and tip proteins of the Mfa1 fimbria from the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K.

履歴

登録	2017年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nf4.cif.gz	363 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nf4.ent.gz	298.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nf4_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nf4_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	5nf4_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	5nf4_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nf2C 5nf3C 5nfiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dlb-d 4dn0-d 4cnc-1 1s4m-1 4ryl-d 1pw6-4 6xzu-d 4xb4-d 3f9e-d 2w2x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Minor fimbrium tip subunit Mfa3

B: Minor fimbrium tip subunit Mfa3

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Minor fimbrium tip subunit Mfa3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Minor fimbrium tip subunit Mfa3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.183, 80.183, 116.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Minor fimbrium tip subunit Mfa3 分子量: 50685.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア) 遺伝子: mfa3, PGN_0289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RHG3
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 3% PGA, 8% PEG 8000, 0.3 M sodium formate, 0.12 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate, pH 5.0.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.721→69.441 Å / Num. all: 79050 / Num. obs: 79050 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.63 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 9.7 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 134723

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.75-1.84	1.7	0.365	2.1	0.343	0.502	0.365	93.4
1.84-1.95	1.7	0.175	4.5	0.163	0.24	0.175	92.3
1.95-2.09	1.7	0.097	7.9	0.09	0.133	0.097	95.9
2.09-2.25	1.7	0.061	11.7	0.055	0.083	0.061	93.7
2.25-2.47	1.7	0.043	15.3	0.039	0.059	0.043	93.2
2.47-2.76	1.7	0.034	17.9	0.031	0.046	0.034	94.5
2.76-3.19	1.7	0.028	20.2	0.024	0.037	0.028	92.3
3.19-3.9	1.7	0.027	20.5	0.023	0.036	0.027	93.9
3.9-5.52	1.7	0.026	21.1	0.023	0.035	0.026	91.8
5.52-44.52	1.8	0.033	16.2	0.029	0.044	0.033	84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

解像度: 1.746→44.52 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1773	6008	7.61 %
R_work	0.1484	-	-
obs	0.1506	78991	93.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 195.4 Å² / B_iso mean: 53.3268 Å² / B_iso min: 25.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.746→44.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4712	0	25	422	5159
B_iso mean	-	-	73.43	52.38	-
残基数	-	-	-	-	590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	6585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.262	1770

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7461-1.7659	0.2952	186	0.299	2404	2590	90
1.7659-1.7867	0.3153	211	0.2828	2455	2666	95
1.7867-1.8085	0.2963	213	0.2732	2433	2646	94
1.8085-1.8314	0.2529	227	0.2399	2457	2684	94
1.8314-1.8555	0.2664	210	0.2254	2404	2614	92
1.8555-1.8809	0.2596	182	0.2192	2399	2581	92
1.8809-1.9078	0.2344	181	0.2008	2332	2513	88
1.9078-1.9363	0.2325	192	0.1958	2421	2613	94
1.9363-1.9665	0.2216	226	0.192	2527	2753	96
1.9665-1.9988	0.2121	212	0.1807	2505	2717	97
1.9988-2.0332	0.1935	206	0.1582	2484	2690	96
2.0332-2.0702	0.1983	198	0.1637	2499	2697	95
2.0702-2.11	0.2297	162	0.166	2556	2718	95
2.11-2.1531	0.1931	190	0.1589	2491	2681	94
2.1531-2.1999	0.1766	198	0.1493	2405	2603	94
2.1999-2.2511	0.212	171	0.1524	2417	2588	92
2.2511-2.3074	0.2007	203	0.1536	2335	2538	89
2.3074-2.3697	0.1751	238	0.1441	2390	2628	94
2.3697-2.4395	0.1741	199	0.1521	2557	2756	96
2.4395-2.5182	0.1962	209	0.147	2484	2693	95
2.5182-2.6082	0.1938	198	0.1516	2452	2650	95
2.6082-2.7126	0.1787	217	0.1508	2451	2668	94
2.7126-2.836	0.1883	193	0.1529	2417	2610	92
2.836-2.9855	0.1863	190	0.1563	2326	2516	89
2.9855-3.1725	0.187	188	0.1605	2501	2689	95
3.1725-3.4174	0.1988	223	0.1557	2439	2662	94
3.4174-3.7612	0.1823	194	0.1488	2454	2648	94
3.7612-4.305	0.1397	206	0.1227	2374	2580	91
4.305-5.4224	0.1355	204	0.1077	2411	2615	93
5.4224-44.5343	0.1422	181	0.1341	2203	2384	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6376	-0.039	-0.204	0.6214	0.7448	3.9961	-0.0706	-0.1092	0.2004	0.0241	0.045	-0.013	-0.5583	-0.0739	0.0132	0.386	0.0942	0.0192	0.2668	-0.0453	0.3661	-6.9554	24.6802	22.0038
2	2.1912	0.4736	-0.2326	2.2765	-0.2638	1.613	-0.0491	0.1062	0.2532	-0.2716	-0.0452	-0.1402	-0.3081	0.3274	0.0874	0.3759	-0.0306	0.0211	0.2602	0.0371	0.2681	10.8085	23.2769	-2.7774
3	0.6721	0.0283	0.177	0.4571	-0.4088	5.1518	-0.0324	0.0727	0.1684	-0.1579	0.0213	0.2333	-0.3347	-0.6414	-0.0008	0.3909	0.0912	-0.0507	0.3054	0.0066	0.4086	-19.6398	16.5126	-12.2587
4	2.0454	0.5691	-0.1422	3.0037	-0.2336	2.5131	-0.0564	-0.3198	-0.04	0.2516	-0.0624	0.5226	0.3323	-0.7453	0.0602	0.2922	-0.0593	0.1016	0.4522	-0.0368	0.3548	-25.5317	-0.3219	12.7077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 34:190)	A	33 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 191:341)	A	191 - 341
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 34:190)	B	33 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 191:341)	B	191 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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