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万見
- PDB-5mb9: Crystal structure of the eukaryotic ribosome associated complex (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mb9
タイトルCrystal structure of the eukaryotic ribosome associated complex (RAC), a unique Hsp70/Hsp40 pair
要素
  • Putative heat shock protein
  • Putative ribosome associated protein
キーワードCHAPERONE / Hsp70 / Hsp40
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / regulation of translational fidelity / Hsp70 protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ribosome binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / Ribosome-associated complex head domain / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain ...: / Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / Ribosome-associated complex head domain / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative ribosome associated protein / Putative heat shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gumiero, A. / Weyer, F.A. / Valentin Gese, G. / Lapouge, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into a unique Hsp70-Hsp40 interaction in the eukaryotic ribosome-associated complex.
著者: Weyer, F.A. / Gumiero, A. / Gese, G.V. / Lapouge, K. / Sinning, I.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative heat shock protein
B: Putative heat shock protein
C: Putative ribosome associated protein
D: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,9579
ポリマ－137,8024
非ポリマー1,1555
水1448
1
A: Putative heat shock protein
D: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4324
ポリマ－68,9012
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
2
B: Putative heat shock protein
C: Putative ribosome associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5245
ポリマ－68,9012
非ポリマー6243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.918, 179.359, 155.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...
21(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...
12(chain F and resseq 700:701)
22(chain E and resseq 700:701)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A12
121(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A14 - 30
131(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A31
141(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A11 - 566
151(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A11 - 566
161(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A11 - 566
171(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A11 - 566
181(chain A and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...A11 - 566
211(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12
221(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B14 - 30
231(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B31
241(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12 - 566
251(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12 - 566
261(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12 - 566
271(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12 - 566
281(chain B and (resseq 12 or resseq 14:30 or (resid...B12 - 566
112(chain F and resseq 700:701)F700 - 701
212(chain E and resseq 700:701)E700 - 701

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Putative heat shock protein


分子量: 63838.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0008010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0RZX9
#2: タンパク質・ペプチド Putative ribosome associated protein


分子量: 5062.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0RYD6

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 26% PEG 3350 and 0.2 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9733 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9733 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.973 Å / Num. obs: 21953 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 96.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.425.61.2690.6031100
9.05-47.974.50.0420.998199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GNI AND 1DKZ

4gni

1dkz


解像度: 3.2→47.973 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 1127 5.14 %
Rwork0.2273 --
obs0.2301 21927 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 290.31 Å2 / Biso mean: 110.0131 Å2 / Biso min: 41.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→47.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8107 0 70 8 8185
Biso mean--73.71 74.73 -
残基数----1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70311284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6855060
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4006X-RAY DIFFRACTION13.905TORSIONAL
12B4006X-RAY DIFFRACTION13.905TORSIONAL
21C26X-RAY DIFFRACTION13.905TORSIONAL
22D26X-RAY DIFFRACTION13.905TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.34570.3921210.320926032724100
3.3457-3.5220.3581350.299825602695100
3.522-3.74260.33931540.263525802734100
3.7426-4.03140.31871300.256425762706100
4.0314-4.43690.2781360.21192579271599
4.4369-5.07830.27831480.20562563271199
5.0783-6.39570.25921470.23512616276399
6.3957-47.97830.25071560.19312723287999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76760.296-0.26350.7495-0.04290.1165-0.49770.2582-0.8928-0.26580.59930.14150.77960.0422-0.09141.05010.03030.37830.7648-0.17591.2135-5.5979-22.462320.2131
23.8111.6339-1.18763.09950.37492.3707-0.79861.12660.0259-1.27040.7062-0.1371-0.1916-0.25730.06811.2514-0.1440.17610.90070.00550.5753-10.6613-5.405313.2983
33.88552.8426-0.2332.5494-0.0352.702-0.1803-0.2029-0.2466-0.55180.0394-0.1147-0.1203-0.05380.12730.7380.22250.01670.4030.05440.6088-16.5626-10.851334.5482
42.86551.5709-1.17061.5135-0.11062.2491-0.0161-0.0156-0.6736-0.8268-0.1001-0.4472-0.0914-0.08290.07391.11020.0430.10510.72950.00481.063-31.9943-38.804333.1201
51.4382-1.06610.17795.4553-4.45175.11360.18190.5499-0.9015-0.4526-0.09071.20491.7640.027-0.70381.1682-0.11610.10130.8687-0.08661.3187-33.0303-54.02937.5277
61.76420.45590.06542.8491-0.67663.66870.1642-0.15230.05350.0635-0.0103-0.19270.01360.3045-0.14770.30740.0718-0.01760.6667-0.19170.4896-50.71215.355419.348
71.7978-0.2381.46312.83050.94431.8031-0.54711.22470.5033-0.45720.1507-0.2442-0.78820.75640.37171.3713-0.48120.13021.6137-0.04221.3342-35.43946.99945.638
80.51570.21621.43990.10720.54884.22750.23240.2646-1.873-0.167-0.3621-0.88381.39410.66890.15841.9017-0.13970.35551.85810.19371.0499-33.325943.6517-7.5512
95.66240.41861.37697.1609-1.00574.3936-0.23370.13650.583-1.72111.3742-0.5642-1.07531.5825-1.0741.169-0.35790.01911.3349-0.12110.9931-45.564636.2942.6425
103.0781-0.8816-1.58927.0087-2.16622.1838-0.8422-0.74131.0419-0.74990.84610.4221-0.0473-0.4062-0.21380.9344-0.13040.06411.27050.16141.1516-55.257446.17764.7032
112.6103-0.5889-3.07922.56670.36843.6811-1.63440.23930.42680.8343-0.15-0.36521.1195-0.76651.06122.1768-0.4189-0.46060.6696-0.27461.8193-40.8098-49.428429.5109
127.4758-3.1019-0.09832.15520.97093.16620.14330.1521-1.1489-1.11630.5125-0.233-0.62960.5695-0.49791.6007-0.34760.16130.9702-0.13940.8714-29.8062-31.540322.1256
135.38642.45091.34964.18910.26390.37830.2841.6886-1.0438-0.39590.537-0.61450.29410.2011-0.54862.0613-0.12680.7931.5164-0.58931.8701-21.1547-41.237417.4376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 38 )A11 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 175 )A39 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 401 )A176 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 402 through 531 )A402 - 531
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 532 through 566 )A532 - 566
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 401 )B12 - 401
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 402 through 566 )B402 - 566
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 29 through 33 )C29 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 34 through 43 )C34 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 44 through 57 )C44 - 57
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 22 through 33 )D22 - 33
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 34 through 43 )D34 - 43
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 44 through 56 )D44 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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