PDB-5lac: SeMet Labeled Derivative of Cavally Virus 3CL Protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lac

タイトル

SeMet Labeled Derivative of Cavally Virus 3CL Protease

要素

3Cl Protease

キーワード

HYDROLASE / SeMet derivative / Protease / Mesonivirus / 3CL

機能・相同性

機能・相同性情報

helicase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cavally virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kanitz, M. / Heine, A. / Diederich, W.E.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2019
タイトル: Structural basis for catalysis and substrate specificity of a 3C-like cysteine protease from a mosquito mesonivirus.
著者: Kanitz, M. / Blanck, S. / Heine, A. / Gulyaeva, A.A. / Gorbalenya, A.E. / Ziebuhr, J. / Diederich, W.E.

履歴

登録	2016年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lac.cif.gz	242.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lac.ent.gz	196.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lac_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lac_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	5lac_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	5lac_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/5lac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/5lac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lakC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rsp-1 4xfq-d 7adw-1 5c3n-d 5rgl-1 5rh2-1 5rew-1 6xoa-1 5rgq-1 1uk2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #242 - 2020年2月コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#242 - 2020年2月
コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3Cl Protease

B: 3Cl Protease

ヘテロ分子

72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.144, 111.353, 58.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	3Cl Protease 分子量: 35956.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SeMet derivative prepared for structure solution / 由来: (組換発現) Cavally virus (ウイルス) / 遺伝子: pp1ab, CAVV_gp1 / プラスミド: MBP-pp1a-1387-1700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / Variant (発現宿主): Methionine Auxotroph / 参照: UniProt: F8RL29
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Lithiumacetate, 24% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月18日
放射	モノクロメーター: Si111 DCM with sagital bender / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→40 Å / Num. obs: 44979 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AUTOMAR		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXDE		位相決定
PHENIX	dev_1779	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.94→35.946 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.19

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2073	2264	5.07 %	Random Selection
R_work	0.1733	-	-	-
obs	0.175	44650	96.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→35.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4540	0	12	303	4855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	6393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.991	1622
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	736
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.9822	0.2517	127	0.2122	2472	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9822-2.0283	0.2537	140	0.2029	2490	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0283-2.079	0.2708	124	0.1966	2500	X-RAY DIFFRACTION	92
2.079-2.1352	0.2394	128	0.189	2521	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1352-2.198	0.2267	154	0.1778	2523	X-RAY DIFFRACTION	95
2.198-2.269	0.2476	143	0.1926	2559	X-RAY DIFFRACTION	95
2.269-2.35	0.2354	165	0.1821	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.35-2.4441	0.2582	127	0.1793	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4441-2.5553	0.1912	147	0.1763	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5553-2.69	0.2334	157	0.1794	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8585	0.2163	117	0.1824	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8585-3.0791	0.256	160	0.1878	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0791-3.3887	0.2044	143	0.1746	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3887-3.8786	0.1708	159	0.1624	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8786-4.8847	0.1545	140	0.1353	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8847-35.9526	0.1864	133	0.1791	2897	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1074	0.0904	-0.2064	0.2271	-0.2154	0.3275	-0.1205	-0.0382	-0.052	-0.0905	0.062	-0.1367	0.0042	0.0293	-0.0067	0.1788	-0.0035	0.0037	0.1822	-0.0211	0.2176	33.6634	33.7883	38.7006
2	0.256	0.075	0.052	0.3422	0.0636	0.2577	-0.0903	-0.4121	0.0536	0.3579	0.0353	-0.2634	-0.2516	0.1783	-0.0258	0.2126	0.0029	-0.101	0.2985	-0.0107	0.2934	40.3592	39.6452	53.3654
3	0.4316	0.1958	0.2449	0.8862	0.3901	0.5223	-0.0531	0.1277	-0.0429	0.1884	0.1121	-0.1644	0.0076	0.0162	0.0678	0.1306	-0.0293	-0.0193	0.1492	0.0008	0.1662	28.1401	32.4476	40.0673
4	0.0435	0.0579	-0.0808	0.286	0.1113	0.439	-0.1688	-0.1558	0.1799	0.2528	-0.1574	-0.3084	-0.2531	0.2917	-0.7209	0.5459	-0.0272	-0.245	0.0941	0.1936	0.0157	18.1627	8.9726	52.5194
5	0.4344	0.3	0.0539	0.5931	-0.0142	0.9843	0.0448	-0.0438	0.0162	0.1742	-0.0563	0.056	0.1935	-0.0778	0.0202	0.1686	-0.0304	0.0144	0.1411	0.0057	0.1592	12.0208	14.3823	42.9211
6	0.0152	0.0139	0.0021	0.0177	-0.0053	-0.0025	0.0116	-0.0509	0.0304	0.1613	-0.4644	-0.1918	-0.3725	-0.1292	-0.0002	0.3935	-0.0059	-0.0763	0.6367	-0.0404	0.5148	0.671	24.2612	24.2939
7	0.1733	-0.167	-0.169	0.287	0.47	0.5566	-0.0944	-0.0058	0.0008	0.0622	0.0478	-0.045	-0.338	-0.0207	0	0.2203	-0.0511	-0.0109	0.1842	0.0104	0.1911	19.5383	36.7213	17.1358
8	0.2769	-0.1967	-0.2945	0.1364	0.2172	0.34	0.143	0.3423	0.3361	0.1228	-0.1221	0.0125	-0.6501	-0.5458	-0.0175	0.5403	0.0349	-0.0842	0.3567	0.0259	0.4294	9.2504	43.7241	3.6619
9	0.5511	-0.0192	-0.1633	0.2454	0.1196	0.1004	-0.2523	0.4511	0.5084	-0.2336	-0.1125	-0.0173	-0.566	0.3075	-0.1657	0.5478	-0.1069	-0.0783	0.2659	0.1195	0.2812	20.8769	46.335	4.8171
10	0.1819	0.19	0.2055	0.2556	0.1197	0.3549	-0.0425	-0.0202	0.0735	-0.058	0.1181	0.0104	-0.1091	0.0717	0.0004	0.2036	-0.0513	0.015	0.1901	-0.0046	0.1825	23.0372	32.2219	19.2285
11	0.0418	0.0731	-0.0549	0.0871	-0.0783	0.0685	0.006	0.1785	0.0832	-0.433	0.0932	0.1919	0.0572	-0.0466	0.0002	0.265	-0.0212	-0.0377	0.1911	-0.0055	0.2145	18.247	9.9177	8.7517
12	0.4265	-0.0548	0.1643	0.6844	-0.1019	0.5469	-0.0357	0.0712	-0.0663	-0.0305	0.0523	-0.1543	-0.0312	0.1395	0.0043	0.1235	0.0035	-0.0104	0.1806	-0.0511	0.1851	27.0084	9.854	16.4497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 42:94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 95:175)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 176:195)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 196:303)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 304:314)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:50)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 51:78)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 79:99)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 100:168)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 169:189)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 190:305)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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