PDB-5iu9: Crystal Structure of Zebrafish Protocadherin-19 EC1-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iu9

タイトル

Crystal Structure of Zebrafish Protocadherin-19 EC1-4

要素

Protocadherin-19 isoform 1

キーワード

CELL ADHESION / adhesion / epilepsy

機能・相同性

機能・相同性情報

neural tube formation / regulation of neuronal action potential / brain morphogenesis / homophilic cell-cell adhesion / visual perception / excitatory postsynaptic potential / cell-cell adhesion / postsynapse / cell adhesion / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Cooper, S.R. / Jontes, J.D. / Sotomayor, M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural determinants of adhesion by Protocadherin-19 and implications for its role in epilepsy.
著者: Cooper, S.R. / Jontes, J.D. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2016年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.source / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年3月21日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.3	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iu9.cif.gz	346 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iu9.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iu9_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iu9_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	5iu9_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	5iu9_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5co1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vfu-1 5dzx-d 6vfu-2 5dzy-2 6vfr-d 5szl-1 5dzy-1 6mer-1 5szo-d 6meq-1 5k8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protocadherin-19 isoform 1

B: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.390, 59.776, 165.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 423
2	1	1	4	B	1 - 423

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999964, -0.005555, 0.006389), (-0.007707, 0.285143, -0.958454), (0.003503, -0.958469, -0.285175)	134.62387, 33.32614, 43.61848

#1: タンパク質	Protocadherin-19 isoform 1 分子量: 47698.289 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-441 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: pcdh19 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: C4P340, UniProt: F8W3X3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 200 mM Sodium Chloride, 100 mM TrisHCl pH 8.1, 8% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→50 Å / Num. obs: 15416 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 3.59→3.66 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CO1

5co1

解像度: 3.59→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / SU B: 107.439 / SU ML: 0.666 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.775 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30498	652	4.5 %	RANDOM
R_work	0.24588	-	-	-
obs	0.24851	13943	93.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	-0 Å²	0.47 Å²
2-	-	-0.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.59→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6465	0	20	15	6500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.968	8950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.985	3	14403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.52	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.827	25.884	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.381	15	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.588	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 6254 / タイプ: medium positional / Rms dev position: 0.79 Å / Weight position: 0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.59→3.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.452	33	-
R_work	0.413	832	-
obs	-	-	75.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9141	-0.6093	-3.0412	4.6278	-1.5546	2.8733	0.5618	0.4381	-0.1969	-0.2001	-0.384	0.5858	-0.4538	-0.1581	-0.1778	0.2498	0.1285	-0.0928	0.4242	-0.2686	0.2467	22.1975	19.0746	80.9313
2	4.5859	-3.6775	-2.5808	3.6206	1.2745	2.5977	0.3405	-0.0847	0.7981	0.0586	0.2007	-0.6751	-0.4158	-0.0158	-0.5411	0.2448	0.0613	-0.0435	0.1048	-0.1385	0.3415	56.4745	7.4185	56.9955
3	7.9964	-3.4476	-2.3045	3.4502	1.4925	0.9723	0.009	-0.1417	-0.3154	-0.0055	0.0066	0.0603	0.0372	0.0257	-0.0156	0.0944	-0.0124	-0.097	0.1259	-0.0217	0.1386	93.6589	-21.1646	37.9875
4	2.6227	-0.9112	-1.537	2.3033	-0.4266	1.4374	-0.3387	0.4339	-0.4539	-0.3249	0.0775	-0.1785	0.5142	-0.225	0.2612	0.3215	0.0146	-0.121	0.3955	-0.4177	0.5891	133.1686	-41.1734	18.4965
5	7.5127	-4.3513	-1.5089	4.2378	1.9712	1.6188	0.0122	-0.6729	-0.0895	0.2156	0.2005	-0.0916	0.1701	0.2989	-0.2127	0.1466	-0.0255	-0.1021	0.2096	-0.0287	0.0927	113.5025	-39.8795	1.4719
6	7.1976	-2.3292	-4.777	1.9438	0.4407	5.1695	0.0396	0.1186	0.1523	-0.1464	-0.047	-0.0955	0.1414	-0.2843	0.0074	0.115	-0.0082	-0.0806	0.0689	-0.017	0.093	78.5009	-20.0189	20.8274
7	7.1757	-1.3356	-4.4385	1.7178	1.3545	3.7325	0.2243	-0.0348	-0.0852	-0.0317	-0.0699	0.0502	-0.1408	0.0124	-0.1544	0.1378	0.0016	-0.1231	0.1491	-0.0241	0.1746	41.1742	-9.6175	53.3216
8	4.2424	-3.1369	-2.6157	4.5468	2.1713	1.641	0.0139	-0.0498	0.219	0.4383	0.1091	-0.0301	0.021	0.0061	-0.123	0.1758	0.0846	-0.062	0.4381	-0.0942	0.1222	1.8924	2.8807	78.9642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1002
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1003 - 1005
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	211 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1006 - 1008
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1010
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	319 - 422
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1009
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1001 - 1002
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	102 - 210
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1003 - 1005
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	211 - 318
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1006 - 1008
16	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1010
17	X-RAY DIFFRACTION	8	B	319 - 423
18	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1009

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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