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万見
- PDB-5ijf: Crystal structure of Human Serum Albumin in the presence of 0.5 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijf
タイトルCrystal structure of Human Serum Albumin in the presence of 0.5 mM zinc at pH 9.0
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Grabowski, M. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM117325-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5U54GM094662-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM053163 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Circulatory zinc transport is controlled by distinct interdomain sites on mammalian albumins.
著者: Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Kassaar, O. / Khazaipoul, S. / Blindauer, C.A. / Stewart, A.J. / Chruszcz, M. / Minor, W.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32018年10月31日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6374
ポリマ－66,5711
非ポリマー653
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.614, 121.560, 140.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-609 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: blood / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2 ul of 90 mg/ml protein in 20 mM K2HPO4 pH 7.5 buffer was mixed with 0.2 ul of the well condition (0.1 M MMT Buffer pH 9.0, 23 % PEG 1500, 1 mM ZnCl2) and equilibrated against well ...詳細: 0.2 ul of 90 mg/ml protein in 20 mM K2HPO4 pH 7.5 buffer was mixed with 0.2 ul of the well condition (0.1 M MMT Buffer pH 9.0, 23 % PEG 1500, 1 mM ZnCl2) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50.01 Å / Num. obs: 19741 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 28.724 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.76.60.818188.4
2.7-2.7470.631194.6
2.74-2.87.20.628197.5
2.8-2.857.30.581199.1
2.85-2.927.40.5199.9
2.92-2.987.60.3591100
2.98-3.067.50.2821100
3.06-3.147.60.2261100
3.14-3.237.60.1651100
3.23-3.347.60.1331100
3.34-3.467.50.0991100
3.46-3.67.50.0761100
3.6-3.767.50.0621100
3.76-3.967.50.0551100
3.96-4.217.40.0441100
4.21-4.537.30.0411100
4.53-4.997.20.0391100
4.99-5.717.10.041199.9
5.71-7.196.90.0391100
7.19-506.30.07196.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AO6

1ao6


解像度: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 49.517 / SU ML: 0.438 / SU R Cruickshank DPI: 1.0733 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.073 / ESU R Free: 0.383
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2924 949 4.9 %RANDOM
Rwork0.2131 ---
obs0.2171 18566 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 247.84 Å2 / Biso mean: 105.023 Å2 / Biso min: 46.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.76 Å2-0 Å2-0 Å2
2--14.13 Å2-0 Å2
3----6.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4279 0 9 40 4328
Biso mean--92.21 84.98 -
残基数----572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.965974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90639055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2265570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35124.392189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79815669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6531522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.2385.062286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.2325.062285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.4917.6032854
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.487 69 -
Rwork0.385 1252 -
all-1321 -
obs--91.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.21690.4079-0.28831.39220.78595.9885-0.3026-0.1742-0.1889-0.4007-0.13140.12640.70071.31850.43410.69380.31740.15490.40930.21780.467614.0679.398-19.472
25.6861.35910.11911.24952.73657.9448-0.59850.3127-0.88430.2094-0.26270.10911.0294-1.00440.86120.5991-0.11730.16910.2052-0.01360.672-8.1197.884-22.514
32.4859-0.6513-1.97843.41150.46845.59140.0012-0.72770.00140.4705-0.04380.3368-0.15940.31970.04270.41780.04380.12090.27370.060.46740.02524.3616.082
49.5816-0.8244-0.27463.0765-4.09616.51460.3638-0.39460.07930.0970.57210.5925-0.2461-0.7721-0.9360.38630.13050.03270.5113-0.02340.5072-13.54837.014-14.249
56.6211-1.61080.87815.8589-4.9365.94780.46350.73810.93580.1246-0.5651-0.3146-0.64910.4780.10150.59280.01510.06920.261-0.10330.614-0.439.491-12.394
68.91553.38633.01551.40160.74056.83870.27480.53251.1640.0174-0.0170.6428-0.16740.1998-0.25780.40820.2982-0.09360.5792-0.30210.5855-16.23640.608-35.04
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 385
4X-RAY DIFFRACTION4A386 - 445
5X-RAY DIFFRACTION5A446 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6A500 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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