PDB-5hx5: APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hx5

タイトル

APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure

要素

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

キーワード

HYDROLASE / APOBEC3F

機能・相同性

機能・相同性情報

apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Shaban, N.M. / Shi, K. / Aihara, H. / Harris, R.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: 1.92 Angstrom Zinc-Free APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure.
著者: Shaban, N.M. / Shi, K. / Li, M. / Aihara, H. / Harris, R.S.

履歴

登録	2016年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hx5.cif.gz	163.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hx5.ent.gz	129.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hx5_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hx5_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	5hx5_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	5hx5_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hx5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hx4C 4iouS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iou-1 4iou-2 4iou-4 5ioo-2 5zoc-d 7jjb-d 6ub1-1 1e9e-d 6ub1-3 4acl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.940, 50.900, 100.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F 分子量: 23361.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 185-373 変異: Y196D, H247G, C248R, C259A, F302K, W310D, K355D, K358D, F363D 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→35.94 Å / Num. obs: 15324 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.1173 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.33→2.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IOU

4iou

解像度: 2.33→35.937 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2644	775	4.74 %
R_work	0.2268	-	-
obs	0.2286	14591	93.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→35.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2888	0	2	61	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.602	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.916	1714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.4133	0.3537	140	0.3196	2844	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4133-2.5099	0.3927	128	0.3322	2815	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5099-2.6241	0.3763	154	0.3275	2783	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6241-2.7624	0.4464	136	0.3392	2679	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7624-2.9354	0.2972	127	0.2681	2814	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9354-3.1619	0.2783	143	0.2478	2827	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1619-3.4798	0.286	127	0.2481	2636	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4798-3.9828	0.2847	133	0.2179	2468	X-RAY DIFFRACTION	85
3.9828-5.0157	0.2225	107	0.1697	2615	X-RAY DIFFRACTION	90
5.0157-35.9412	0.1756	155	0.1753	2641	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6895	-1.0758	0.333	1.743	-0.0214	0.6593	0.0537	-0.1247	0.6107	0.438	-0.0457	-0.4161	-0.6788	0.646	-0.0058	0.3536	-0.067	-0	0.513	-0.1051	0.5651	53.5586	12.0759	44.4631
2	0.1715	-0.1529	0.2564	0.5047	0.3266	0.5613	0.603	-0.1641	0.1648	-0.1539	-0.3512	-0.2689	-0.0478	0.0583	0.1488	0.2572	-0.0128	-0.0691	0.436	-0.0135	0.4098	42.3663	11.259	31.4072
3	0.9801	1.0852	0.6043	1.7586	0.197	0.5636	0.3164	0.1943	-0.9871	-0.3517	0.3093	-1.1517	-0.3497	0.0318	0.0758	0.4312	-0.0442	0.0474	0.5015	-0.0768	0.3627	44.116	13.4819	29.1897
4	1.2599	-0.056	2.1229	0.4082	0.594	5.4773	0.5215	0.5015	0.5547	-1.1487	-1.1113	-0.3827	0.2557	1.6108	-0.2489	0.7697	-0.0884	0.0106	0.5806	0.1094	0.5242	41.0284	20.3349	26.6967
5	1.3918	-0.0951	-0.4858	1.9138	-0.1611	2.4516	0.0686	-0.0021	0.0306	-0.6673	0.3191	-1.1341	-0.9548	-0.1308	0.6457	0.4787	0.0246	-0.0501	0.2586	0.0421	0.215	38.1254	20.0036	36.7047
6	0.5327	0.1499	-0.7839	1.1505	-0.1141	1.2989	-0.4154	-0.471	0.2905	-0.0697	0.2241	0.1094	0.0115	-0.8533	0.215	0.4351	0.158	-0.0666	0.3592	-0.088	0.4182	38.624	18.0126	43.707
7	0.1541	-0.2553	-0.1738	0.3831	0.1166	0.3514	0.5535	0.321	0.7301	-0.2294	-0.6415	0.3169	-0.855	-0.1195	0.0041	0.443	-0.0433	-0.0258	0.4624	-0.0193	0.5152	33.258	23.7943	47.3219
8	2.855	-1.3689	-1.261	0.6272	0.7415	0.5978	-0.6045	0.0755	-0.6722	0.3002	0.0116	0.6474	-0.0263	0.1839	-0.4325	0.2775	0.0562	-0.0761	0.3989	-0.0478	0.6437	41.5891	5.9384	41.7833
9	0.2086	0.5242	0.2874	1.3669	0.3567	0.5953	0.0204	0.2089	0.3017	0.3017	0.3352	-0.2	0.8857	-0.2781	0.2911	0.2407	0.0637	-0.0471	0.4271	0.0362	0.3082	53.2007	0.3497	43.145
10	2.6494	-1.2413	0.6824	1.5898	-0.4238	0.2119	-0.7265	-0.9452	-1.4112	0.773	0.7537	1.1005	-0.4784	-0.2382	-0.0103	0.3913	0.0387	0.0078	0.3472	0.0164	0.3897	36.2036	10.9634	54.4894
11	0.0913	-0.0942	-0.5548	0.6091	0.0289	3.4986	-0.1609	-0.6619	-0.0884	-0.1034	-1.0447	-0.7845	-1.2707	1.5516	-0.0784	0.584	0.017	-0.0035	1.2405	0.2204	0.7238	51.0936	-5.0402	14.5632
12	0.2888	-0.3905	0.3558	0.8174	0.0686	0.6045	0.4491	0.6336	0.4088	-0.3043	-0.205	0.306	-0.1253	-0.2157	-0.012	0.6264	0.0375	0.0945	0.5755	-0.1353	0.5368	31.4717	-3.9595	24.0151
13	0.0251	0.218	0.2432	1.004	1.1408	1.1031	0.4266	0.1167	-0.4437	1.1089	-0.2384	0.0402	0.7345	-0.3378	0.0046	0.7168	0.0496	-0.1042	0.3159	0.0112	0.4087	39.629	-12.4116	21.3904
14	1.0092	0.3133	1.0219	1.6189	-0.6084	1.3233	0.1409	-0.4695	0.1363	-0.0617	-0.4604	0.1802	0.226	0.0859	-0.2944	0.2532	0.0072	0.0814	0.4392	-0.1006	0.457	33.2026	-13.1074	15.6834
15	4.5252	-0.7438	0.564	1.9895	-0.434	0.9182	-0.0926	-0.5985	0.0884	-0.8368	0.128	0.0882	0.6272	-0.013	2.1181	0.6564	0.1417	0.0878	0.2595	-0.0386	0.2851	34.7597	-14.0669	5.4801
16	0.5321	0.631	-0.1692	0.5497	0.4067	1.2726	0.2202	0.1444	0.8995	-0.1047	-0.4249	0.6627	-0.5088	-0.1851	-0.0427	0.5255	-0.0572	-0.0058	0.3767	0.0278	0.4352	39.5967	-0.0227	10.1644
17	1.2794	0.0437	-0.8234	2.4823	-0.0526	1.6946	0.5161	0.1062	-0.6013	-0.9109	-0.7127	-0.5639	-1.0862	0.9435	-0.5554	1.1162	-0.3951	0.0567	0.4313	0.2066	0.1845	44.2085	-0.0422	3.9807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 190 through 216 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 217 through 225 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 226 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 250 through 267 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 268 through 293 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 294 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 312 through 323 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 324 through 342 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 343 through 356 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 357 through 373 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 190 through 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 217 through 231 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 232 through 261 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 262 through 292 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 293 through 323 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 324 through 342 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 343 through 373 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)