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- PDB-5hbf: Crystal structure of human full-length chitotriosidase (CHIT1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hbf
タイトルCrystal structure of human full-length chitotriosidase (CHIT1)
要素Chitotriosidase-1
キーワードHYDROLASE / chitotriosidase / chitin binding domain / CBM14 / seeding
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium ...polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium / specific granule lumen / tertiary granule lumen / lysosome / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fadel, F. / Zhao, Y. / Cousido-Siah, A. / Ruiz, F.X. / Mitschler, A. / Podjarny, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Full Length Human Chitotriosidase (CHIT1) Reveals Features of Its Chitin Binding Domain.
著者: Fadel, F. / Zhao, Y. / Cousido-Siah, A. / Ruiz, F.X. / Mitschler, A. / Podjarny, A.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitotriosidase-1
B: Chitotriosidase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1926
ポリマ－106,8242
非ポリマー3684
水3,153175
1
A: Chitotriosidase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5963
ポリマ－53,4121
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitotriosidase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5963
ポリマ－53,4121
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.143, 106.661, 85.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitotriosidase-1 / Chitinase-1


分子量: 53411.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHIT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13231, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 15% PEG3350, 0.02 M HEPES, pH 6.8, 0.2% MPD, 0.2% 1,2,3-heptanetriol, 0.2% diethylenetriaminepentakis, 0.2% D-sorbitol, 0.2% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→44.69 Å / Num. obs: 114875 / % possible obs: 96.63 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.06
反射 シェル解像度: 1.95→2.013 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1255精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4WJX

4wjx


解像度: 1.95→44.686 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 3655 3.18 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2064 114846 90.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6675 0 24 175 6874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0959412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.262510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9435-1.96910.44541070.39563352X-RAY DIFFRACTION70
1.9691-1.99610.38831360.35324314X-RAY DIFFRACTION92
1.9961-2.02460.39021460.334405X-RAY DIFFRACTION93
2.0246-2.05480.36641450.30464474X-RAY DIFFRACTION93
2.0548-2.08690.3241380.28994402X-RAY DIFFRACTION93
2.0869-2.12110.30311400.28284437X-RAY DIFFRACTION93
2.1211-2.15770.29921450.27664313X-RAY DIFFRACTION92
2.1577-2.19690.31131350.274420X-RAY DIFFRACTION92
2.1969-2.23920.33661410.26444410X-RAY DIFFRACTION92
2.2392-2.28490.36161450.25624269X-RAY DIFFRACTION91
2.2849-2.33460.31171450.2594307X-RAY DIFFRACTION91
2.3346-2.38890.34741440.25814241X-RAY DIFFRACTION90
2.3889-2.44860.32271450.24784227X-RAY DIFFRACTION88
2.4486-2.51480.28341260.23143971X-RAY DIFFRACTION84
2.5148-2.58880.251330.21964079X-RAY DIFFRACTION86
2.5888-2.67240.29751360.22424183X-RAY DIFFRACTION88
2.6724-2.76790.25181440.21454286X-RAY DIFFRACTION90
2.7679-2.87870.25251470.21664513X-RAY DIFFRACTION95
2.8787-3.00960.31111460.20854463X-RAY DIFFRACTION95
3.0096-3.16830.25761500.20694502X-RAY DIFFRACTION94
3.1683-3.36670.24291410.19584428X-RAY DIFFRACTION94
3.3667-3.62660.21151480.17514367X-RAY DIFFRACTION92
3.6266-3.99130.20131440.16614270X-RAY DIFFRACTION90
3.9913-4.56840.17331380.15134055X-RAY DIFFRACTION85
4.5684-5.75370.19211350.15013989X-RAY DIFFRACTION84
5.7537-44.69770.1611550.15914514X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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