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- PDB-5gk1: Crystal structure of the ketosynthase StlD complexed with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gk1
タイトルCrystal structure of the ketosynthase StlD complexed with substrate
要素Ketosynthase StlD
キーワードTRANSFERASE / Ketosynthase
機能・相同性3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / secondary metabolite biosynthetic process / acyltransferase activity / Thiolase-like / 3-OXO-5-METHYLHEXANOIC ACID / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 8/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Mori, T. / Saito, Y. / Morita, H. / Abe, I.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Structural Insight into the Enzymatic Formation of Bacterial Stilbene.
著者: Mori, T. / Awakawa, T. / Shimomura, K. / Saito, Y. / Yang, D. / Morita, H. / Abe, I.
履歴
登録2016年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketosynthase StlD
B: Ketosynthase StlD
C: Ketosynthase StlD
D: Ketosynthase StlD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,2946
ポリマ－179,0064
非ポリマー2882
水19,5641086
1
A: Ketosynthase StlD
B: Ketosynthase StlD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6473
ポリマ－89,5032
非ポリマー1441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
2
C: Ketosynthase StlD
D: Ketosynthase StlD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6473
ポリマ－89,5032
非ポリマー1441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.290, 127.640, 107.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ketosynthase StlD


分子量: 44751.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu2164 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q7N4Z6
#2: 化合物 ChemComp-2K3 / 3-OXO-5-METHYLHEXANOIC ACID / 3-オキソ-5-メチルヘキサン酸


分子量: 144.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% PEG 4000, 100mM Tris-HCl (pH7.5), 20mM isovaleryl-beta-keto acyl-SNAC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 148958 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.83→1.95 Å / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GK0

5gk0


解像度: 1.83→44.93 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 7448 5 %
Rwork0.198 --
obs0.2 148958 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→44.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11856 0 18 1086 12960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89416392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7574464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8349-1.86650.33763700.32757017X-RAY DIFFRACTION94
1.8665-1.90050.38213700.30517043X-RAY DIFFRACTION95
1.9005-1.9370.31813710.28917046X-RAY DIFFRACTION95
1.937-1.97650.31463750.287120X-RAY DIFFRACTION95
1.9765-2.01950.32623680.27016998X-RAY DIFFRACTION95
2.0195-2.06650.30213730.26297080X-RAY DIFFRACTION95
2.0665-2.11820.27273720.25247076X-RAY DIFFRACTION95
2.1182-2.17540.27913710.25577038X-RAY DIFFRACTION95
2.1754-2.23940.27613720.24537061X-RAY DIFFRACTION95
2.2394-2.31170.26823720.23127079X-RAY DIFFRACTION95
2.3117-2.39430.26923720.23637073X-RAY DIFFRACTION95
2.3943-2.49020.25923730.22597073X-RAY DIFFRACTION95
2.4902-2.60350.25833730.22837089X-RAY DIFFRACTION95
2.6035-2.74080.29083720.22057081X-RAY DIFFRACTION95
2.7408-2.91240.23753730.2117077X-RAY DIFFRACTION95
2.9124-3.13720.23583710.19637061X-RAY DIFFRACTION95
3.1372-3.45280.2093750.1787110X-RAY DIFFRACTION95
3.4528-3.95210.18953730.15457089X-RAY DIFFRACTION95
3.9521-4.97790.16153730.13527090X-RAY DIFFRACTION95
4.9779-41.7720.18943790.16567192X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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