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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5flg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 6-carboxyhexanoate-CoA ligase (BioW)from Bacillus subtilis in complex with AMPPNP | ||||||
![]() | 6-CARBOXYHEXANOATE--COA LIGASE | ||||||
![]() | LIGASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-carboxyhexanoate-CoA ligase / 6-carboxyhexanoate-CoA ligase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moynie, L. / Wang, M. / Campopiano, D.J. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Using the pimeloyl-CoA synthetase adenylation fold to synthesize fatty acid thioesters. 著者: Wang, M. / Moynie, L. / Harrison, P.J. / Kelly, V. / Piper, A. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 255 / Label seq-ID: 6 - 256
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.3101, -0.944, 0.1129), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29674.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.1 MM HEPES PH 7.5 19 % PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→55.33 Å / Num. obs: 41543 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.655 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→41.53 Å
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拘束条件 |
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