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- PDB-5dx1: Crystal structure of CARM1, sinefungin, and PABP1 peptide (R455) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dx1
タイトルCrystal structure of CARM1, sinefungin, and PABP1 peptide (R455)
要素
  • Histone-arginine methyltransferase CARM1
  • PABP1 peptide
キーワードTRANSFERASE / protein-substrate ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of dendrite development / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / histone arginine N-methyltransferase activity ...mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of dendrite development / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / Deadenylation of mRNA / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / poly(A) binding / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone H2AQ104 methyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / histone methyltransferase activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Translation initiation complex formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / cell leading edge / nuclear replication fork / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of fat cell differentiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / response to cAMP / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / catalytic step 2 spliceosome / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mRNA 3'-UTR binding / : / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / mRNA splicing, via spliceosome / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / : / lamellipodium / DNA-binding transcription factor binding / methylation / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal ...: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / Polyadenylate-binding protein 1 / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Ternary Complex Formation of Human CARM1 with Various Substrates.
著者: Boriack-Sjodin, P.A. / Jin, L. / Jacques, S.L. / Drew, A. / Sneeringer, C. / Scott, M.P. / Moyer, M.P. / Ribich, S. / Moradei, O. / Copeland, R.A.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
F: PABP1 peptide
G: PABP1 peptide
H: PABP1 peptide
I: PABP1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,08416
ポリマ－166,1908
非ポリマー1,8948
水8,827490
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
F: PABP1 peptide
G: PABP1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1349
ポリマ－83,0954
非ポリマー1,0395
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
2
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
H: PABP1 peptide
I: PABP1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9507
ポリマ－83,0954
非ポリマー8553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.002, 98.322, 208.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 39623.121 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain (UNP residues 134-479) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86X55, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: タンパク質・ペプチド
PABP1 peptide


分子量: 1924.296 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 449-466
Mutation: Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940
#3: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The N-terminal of PABP1 peptide is modified with biotin and aminohexanoic acid.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 110682 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.93→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.93→45.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.137 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 5771 5 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1979 109335 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.81 Å2 / Biso mean: 30.504 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11313 0 132 490 11935
Biso mean--28.28 34.93 -
残基数----1414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01912074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.95816417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.792326123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0851488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90423.737562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.825152001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8851567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6612.8795823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6612.8785822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5514.3037309
LS精密化 シェル解像度: 1.931→1.981 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 407 -
Rwork0.325 7904 -
all-8311 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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