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- PDB-5byo: Computationally designed left-handed alpha/alpha toroid with 12 r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byo
タイトルComputationally designed left-handed alpha/alpha toroid with 12 repeats
要素dTor_12x31L
キーワードDE NOVO PROTEIN / Rosetta / toroid / alpha helix / computationally designed / left-handed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Doyle, L. / Stoddard, B.L. / Bradley, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49857 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Rational design of alpha-helical tandem repeat proteins with closed architectures.
著者: Doyle, L. / Hallinan, J. / Bolduc, J. / Parmeggiani, F. / Baker, D. / Stoddard, B.L. / Bradley, P.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTor_12x31L
B: dTor_12x31L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8052
ポリマ－81,8052
非ポリマー00
水2,990166
1
A: dTor_12x31L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9021
ポリマ－40,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: dTor_12x31L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9021
ポリマ－40,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.414, 119.365, 76.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-490-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 8 - 379 / Label seq-ID: 8 - 379

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 dTor_12x31L


分子量: 40902.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Rosetta designed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.9 M Sodium malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 27183 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.08 / Net I/av σ(I): 27.181 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 100550
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5430.29812140.90.2110.3681.04687.6
2.54-2.593.20.31112450.9170.2070.3760.99294.7
2.59-2.643.70.34414110.9120.2050.41.04399.5
2.64-2.693.70.28513160.9350.170.3331.11599.4
2.69-2.753.70.22913660.9690.1370.2671.01199.5
2.75-2.823.70.15713970.9840.0940.1830.98499.5
2.82-2.893.80.13213410.9820.0790.1541.00699.6
2.89-2.963.70.11113670.990.0660.131.03899.7
2.96-3.053.80.09913810.9910.0590.1151.01499.9
3.05-3.153.80.09113790.9930.0540.1061.01399.9
3.15-3.263.80.07713380.9940.0460.091.04599.9
3.26-3.393.80.06313780.9960.0380.0741.038100
3.39-3.553.80.04813550.9970.0280.0561.158100
3.55-3.733.80.04413710.9980.0270.0521.173100
3.73-3.973.80.03714220.9980.0220.0431.202100
3.97-4.273.80.02913560.9990.0170.0341.14299.9
4.27-4.73.80.02813820.9990.0170.0331.159100
4.7-5.383.80.0313700.9990.0180.0351.134100
5.38-6.783.80.028140110.0170.0321.047100
6.78-503.70.02113930.9990.0130.0241.19898.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.503→30.618 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 2009 7.41 %
Rwork0.2142 25119 -
obs0.2172 27128 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.63 Å2 / Biso mean: 42.1685 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.503→30.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 0 166 5774
Biso mean---43.82 -
残基数----744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4847695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.018960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3882025
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3180X-RAY DIFFRACTION3.378TORSIONAL
12B3180X-RAY DIFFRACTION3.378TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5029-2.56540.35521230.25711548167186
2.5654-2.63480.29291410.30071789193098
2.6348-2.71230.30621410.25641809195099
2.7123-2.79970.30831510.24841798194999
2.7997-2.89970.29021420.22941804194699
2.8997-3.01570.23941430.241917741917100
3.0157-3.15290.26951470.250318521999100
3.1529-3.31890.35211500.245418131963100
3.3189-3.52660.26931440.224818141958100
3.5266-3.79840.30261460.21318261972100
3.7984-4.17980.22131430.191818081951100
4.1798-4.78260.19631420.187118441986100
4.7826-6.01810.29031440.215818131957100
6.0181-30.61980.16661520.16291827197998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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