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- PDB-5bpb: Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpb
タイトルCrystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form I
要素Frizzled-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway / Glycoprotein / G protein coupled receptor / receptor for Norrin recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding / positive regulation of dendrite morphogenesis / establishment of blood-brain barrier / cytokine receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine binding / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / Asymmetric localization of PCP proteins / PDZ domain binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / angiogenesis / response to hypoxia / cell population proliferation / cilium / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4
B: Frizzled-4
D: Frizzled-4
C: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7068
ポリマ－66,8214
非ポリマー8854
水2,666148
1
A: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9262
ポリマ－16,7051
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1483
ポリマ－16,7051
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9262
ポリマ－16,7051
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Frizzled-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7051
ポリマ－16,7051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.608, 102.140, 116.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Frizzled-4 / hFz4 / FzE4


分子量: 16705.232 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 42-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / プラスミド: pHLsec-mVenus-12H / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULV1
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.77 Å / Num. obs: 44268 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IJY

1ijy


解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 10.055 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 2227 5 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.179 42000 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.02 Å2 / Biso mean: 46.189 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å2-0 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3866 0 70 148 4084
Biso mean--33.97 43.27 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9955527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7883.0098772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71824.913173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59715683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6731517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1252.1761975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0922.1761974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9033.2592460
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.52337875
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.95547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.71257852
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 161 -
Rwork0.228 3054 -
all-3215 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4582-1.5197-1.04823.21051.78194.5574-0.0898-0.79210.38990.36950.0339-0.0425-0.07820.08130.05590.0785-0.0078-0.01190.1714-0.05860.03535.07337.36112.219
23.88110.9742-0.83642.9501-1.40123.491-0.07210.60060.3313-0.28630.02880.0995-0.2151-0.03730.04330.08080.0007-0.02570.14370.05190.0345-4.70338.752-12.741
32.8959-0.32111.54853.68161.56466.82280.07070.2023-0.2043-0.2036-0.12460.07570.3483-0.08960.05390.0825-0.0330.03550.108-0.06260.07494.64111.601-17.121
45.0134-1.5544.32434.4972-4.778412.58770.1945-0.3633-0.48510.2433-0.2033-0.10890.96010.23390.00870.23930.05190.03170.17510.10670.1476-6.40412.45417.941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B44 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3D43 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4C44 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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