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- PDB-5b2p: Crystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2p
タイトルCrystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TGA PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
  • Guide RNA
  • Target DNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR system subtype II-B RNA-guided endonuclease Cas9/Csx12 / : / : / CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9
著者: Hirano, H. / Gootenberg, J.S. / Horii, T. / Abudayyeh, O.O. / Kimura, M. / Hsu, P.D. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Hatada, I. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source ...diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: Guide RNA
C: Target DNA
D: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,53253
ポリマ－233,0774
非ポリマー2,45549
水18,9701053
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32400 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area77280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.611, 159.273, 96.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA


分子量: 9008.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 2770.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 190995.422 Da / 分子数: 1 / 変異: N995A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: cas9, FTN_0757 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2
参照: UniProt: A0Q5Y3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA/RNAハイブリッド Guide RNA


分子量: 30301.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 1102分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 9-11% PEG 3350, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.26 Å / Num. obs: 255229 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 19.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155: ???精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.259 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 12766 5 %
Rwork0.1801 --
obs0.1813 255162 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.88 Å2 / Biso mean: 47.3789 Å2 / Biso min: 16.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11697 2771 124 1053 15645
Biso mean--46.54 41.37 -
残基数----1588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01415219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39121133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0872415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4898862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.31624190.27897895831498
1.7193-1.73960.31854140.27578069848398
1.7396-1.76080.28954240.25697986841098
1.7608-1.78310.26654320.24938006843898
1.7831-1.80650.26384190.23528066848598
1.8065-1.83130.26264300.23037996842698
1.8313-1.85740.26514160.22398084850099
1.8574-1.88520.24634220.2188038846099
1.8852-1.91460.23074270.20798040846799
1.9146-1.9460.23584170.20727947836497
1.946-1.97960.20834190.19028046846599
1.9796-2.01560.22494210.19068084850599
2.0156-2.05430.22264180.19188074849299
2.0543-2.09630.21854310.1878106853799
2.0963-2.14180.2084320.18718089852199
2.1418-2.19170.21214230.18868093851699
2.1917-2.24650.19684330.17618091852499
2.2465-2.30720.20874270.17868118854599
2.3072-2.37510.2094240.17827940836497
2.3751-2.45170.21094250.18038150857599
2.4517-2.53940.21124270.17988148857599
2.5394-2.6410.21524320.182181198551100
2.641-2.76120.22524330.185981498582100
2.7612-2.90680.20144280.183381798607100
2.9068-3.08890.20054200.17957971839197
3.0889-3.32730.19324340.170581998633100
3.3273-3.6620.20074280.172981778605100
3.662-4.19160.18954360.158782128648100
4.1916-5.27980.17254200.15148081850198
5.2798-46.27570.17974350.18748243867899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2672-0.18671.20940.5866-0.07354.531-0.0586-0.19210.16170.13360.0671-0.044-0.0837-0.07280.04210.14080.00290.00450.1254-0.05650.19133.98752.385225.1057
21.51881.9979-0.72332.0233-1.0865-0.099-0.07890.2841-1.0829-0.29220.05980.10320.449-0.1040.02910.6502-0.1023-0.01480.3831-0.11471.1728-15.9128-33.82020.0386
31.4835-0.39981.25290.3757-0.18091.80330.0380.31330.050.029-0.0203-0.07350.12130.4902-0.01230.2016-0.00040.0360.2904-0.02430.228627.1952-8.288522.5428
41.00550.03220.42062.52981.18290.848-0.0435-0.075-0.41370.51270.17290.18790.50340.0877-0.09230.52530.04190.03910.3173-0.01910.399325.44-32.066330.3312
51.4052-0.48940.3050.5953-0.90351.960.0022-0.5252-0.40540.16390.19620.06720.5298-0.3972-0.15970.5864-0.03-0.01910.56220.04910.43466.8998-17.193455.0789
62.50510.0654-0.29633.1893-0.59192.4255-0.1096-0.7617-0.30220.38020.03850.02910.2549-0.35590.05140.3247-0.0014-0.01670.5292-0.00210.19369.718-9.18355.9283
71.1437-0.40870.50010.6466-0.27140.8386-0.1295-0.14180.14090.06720.05590.0593-0.2301-0.13570.04990.2412-0.00270.02430.1557-0.02570.2436-20.605612.83612.5188
81.18090.16280.02421.94410.91932.21110.0458-0.49370.22871.0669-0.06790.5376-0.2326-0.14710.06120.85840.08220.14790.4178-0.14480.5005-17.891519.396340.5393
91.4526-0.52680.84040.6448-0.22581.27190.064-0.0702-0.24290.03630.04130.06590.23660.0554-0.15660.2513-0.0160.03040.18470.00540.26241.2824-10.560317.5501
104.9465-1.72950.37635.1633-1.2433.65150.14090.81710.0857-0.782-0.14410.4753-0.331-0.0036-0.04870.42330.0332-0.14750.4293-0.05140.3818-34.06718.3312-16.1103
110.8299-0.69640.08980.6137-0.06870.68810.01770.11310.0235-0.0595-0.04070.0476-0.06750.04460.03750.2287-0.0231-0.00640.17820.01610.2268-15.5436.2892-0.1647
121.632-0.5862-2.37960.23180.83583.47570.2638-0.08850.68410.0388-0.3390.1178-0.91220.35670.07290.4215-0.1443-0.00550.34070.06480.46167.945613.48628.6041
132.5476-0.02420.26491.0371-0.17721.9051-0.1935-0.0730.2207-0.09030.0502-0.05-0.16840.10890.1330.2235-0.0052-0.00750.2044-0.02880.25462.60866.975422.2841
147.28163.4817-0.58085.1149-4.10894.673-0.0136-0.54950.81560.6671-0.029-0.2411-0.6828-0.52890.00560.25090.0851-0.06420.2786-0.07310.23479.72767.929530.1838
154.5365-1.82111.4051.2312-0.39120.5062-0.04040.54490.693-0.0912-0.1695-0.3439-0.06620.36960.20410.2276-0.04770.01570.40620.03840.312625.62910.414715.7656
163.76882.8039-3.7054.0115-3.47863.9144-0.13911.0208-0.677-1.0366-0.1977-0.72421.23980.54320.26720.44960.12740.0710.6154-0.10850.352527.4997-14.53119.0034
173.9144-0.04490.5943.0007-1.36422.6768-0.05530.27070.67830.0508-0.1266-0.2875-0.26440.29840.15150.1886-0.0446-0.00730.3740.02370.365725.3745-0.340216.1072
184.1863-3.3195-1.88183.49620.77743.9169-0.35870.14470.50320.16420.1341.4162-0.6019-1.02870.22040.41780.15310.06150.4852-0.07331.1246-27.505612.798426.6371
191.6891-0.74860.99511.0484-0.19580.9273-0.1258-0.4541-0.4280.41920.21390.17480.1042-0.1254-0.13770.43130.05480.08220.30370.0970.306410.2668-20.534729.1956
206.2978-2.616-1.06681.13980.15692.1912-0.25230.12851.09090.32680.25621.7824-0.7993-1.26850.01070.43490.2192-0.02840.6751-0.00941.2313-28.578216.224925.6487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 99 )A1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 324 )A100 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 325 through 643 )A325 - 643
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 644 through 859 )A644 - 859
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 860 through 1065 )A860 - 1065
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1066 through 1176 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1177 through 1496 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1497 through 1622 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 30 )B1 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 40 )B31 - 40
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 41 through 55 )B41 - 55
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 56 through 60 )B56 - 60
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 61 through 65 )B61 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 70 )B66 - 70
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 71 through 80 )B71 - 80
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 81 through 85 )B81 - 85
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 86 through 94 )B86 - 94
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 11 through 30 )C11 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 9 )D1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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