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- PDB-4y0i: GABA-aminotransferase inactivated by conformationally-restricted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0i
タイトルGABA-aminotransferase inactivated by conformationally-restricted inactivator
要素4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Synthesis / Biological Evaluation / Mechanistic Studies of Con-formationally-Restricted GABA-Aminotransferase Inactivators
機能・相同性
機能・相同性情報


4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-PSZ / 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.662 Å
データ登録者Wu, R. / Sanishvili, R. / Lee, H.V. / Dustin, D.H. / Emma, D. / Neil, K. / Silverman, R.B. / Liu, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: GABA-aminotransferase inactivated by conformationally-restricted inactivator
著者: Lee, H.V. / Dustin, D.H. / Wu, R. / Emma, D. / Sanishvili, R. / Liu, D. / Neil, K. / Silverman, R.B.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,99612
ポリマ－208,9634
非ポリマー2,0338
水40,3362239
1
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4986
ポリマ－104,4812
非ポリマー1,0174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13040 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
2
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4986
ポリマ－104,4812
非ポリマー1,0174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.483, 226.755, 71.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N- ...(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N-butyrate transaminase / GABA-T / L-AIBAT


分子量: 52240.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ABAT, GABAT / 発現宿主: Sus barbatus (ヒゲイノシシ)
参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase, (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PSZ / 4-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 374.306 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N2O7PS
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M ammonium acetate, o.1 M Bis-Tris (pH: 5.5), 17% w/v PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.68 Å / Num. obs: 271091 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.662→36.044 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 11643 4.92 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
obs0.1734 236476 96.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.662→36.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14647 0 116 2239 17002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10520727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8855809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.662-1.68080.29943560.27936567X-RAY DIFFRACTION86
1.6808-1.70050.30654020.27327347X-RAY DIFFRACTION95
1.7005-1.72130.28883700.26277271X-RAY DIFFRACTION95
1.7213-1.74310.28133810.25077383X-RAY DIFFRACTION95
1.7431-1.7660.2623480.24627341X-RAY DIFFRACTION95
1.766-1.79020.26113490.24437465X-RAY DIFFRACTION95
1.7902-1.81580.2853510.23917386X-RAY DIFFRACTION96
1.8158-1.84290.27133560.23017456X-RAY DIFFRACTION96
1.8429-1.87170.27683670.22737462X-RAY DIFFRACTION96
1.8717-1.90230.24433800.21527399X-RAY DIFFRACTION96
1.9023-1.93510.25163790.21317539X-RAY DIFFRACTION97
1.9351-1.97030.23013970.20587413X-RAY DIFFRACTION97
1.9703-2.00820.24164210.20457423X-RAY DIFFRACTION97
2.0082-2.04920.23474200.19837533X-RAY DIFFRACTION97
2.0492-2.09380.23033560.19037511X-RAY DIFFRACTION97
2.0938-2.14250.21664100.18447493X-RAY DIFFRACTION97
2.1425-2.1960.22183960.17997550X-RAY DIFFRACTION97
2.196-2.25540.21333930.17797556X-RAY DIFFRACTION98
2.2554-2.32180.20634230.17197547X-RAY DIFFRACTION98
2.3218-2.39670.22884200.1747564X-RAY DIFFRACTION98
2.3967-2.48230.22223940.17267596X-RAY DIFFRACTION98
2.4823-2.58170.21443880.16737590X-RAY DIFFRACTION98
2.5817-2.69910.21053870.16777594X-RAY DIFFRACTION98
2.6991-2.84140.19934130.1647602X-RAY DIFFRACTION98
2.8414-3.01930.19584060.16097699X-RAY DIFFRACTION99
3.0193-3.25230.17233560.1587694X-RAY DIFFRACTION99
3.2523-3.57930.184430.14487638X-RAY DIFFRACTION99
3.5793-4.09670.15823890.1287721X-RAY DIFFRACTION99
4.0967-5.15890.14474200.12667694X-RAY DIFFRACTION99
5.1589-36.0520.17353720.14837799X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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