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万見
- PDB-4x5s: The crystal structure of an alpha carbonic anhydrase from the ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x5s
タイトルThe crystal structure of an alpha carbonic anhydrase from the extremophilic bacterium Sulfurihydrogenibium azorense.
要素Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)
キーワードLYASE / Alpha bacterial carbonic anhydrase / Enzyme-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurihydrogenibium azorense (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者De Simone, G. / Alterio, V. / Di Fiore, A.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the most catalytically effective carbonic anhydrase enzyme known, SazCA from the thermophilic bacterium Sulfurihydrogenibium azorense.
著者: De Simone, G. / Monti, S.M. / Alterio, V. / Buonanno, M. / De Luca, V. / Rossi, M. / Carginale, V. / Supuran, C.T. / Capasso, C. / Di Fiore, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: X-ray structure of the first extremo-alpha-carbonic anhydrase, a dimeric enzyme from the thermophilic bacterium Sulfurihydrogenibium yellowstonense YO3AOP1.
著者: Di Fiore, A. / Capasso, C. / De Luca, V. / Monti, S.M. / Carginale, V. / Supuran, C.T. / Scozzafava, A. / Pedone, C. / Rossi, M. / De Simone, G.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)
B: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6078
ポリマ－53,2902
非ポリマー1,3166
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.470, 89.430, 114.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)


分子量: 26645.188 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-254 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurihydrogenibium azorense (バクテリア)
遺伝子: SULAZ_0541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DTU5, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE


分子量: 222.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4O3S2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: polyethylene glycol monomethyl ether 550, Magnesium chloride, HEPES
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 31032 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g7a

4g7a


解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 1476 4.1 %
Rwork0.1873 28392 -
obs-29868 83.7 %
溶媒の処理Bsol: 50.5032 Å2
原子変位パラメータBiso max: 56.54 Å2 / Biso mean: 22.4262 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.052 Å2-0 Å20 Å2
2--7.085 Å20 Å2
3----1.033 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 78 273 3983
Biso mean--31.01 29.06 -
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.431
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9532
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8932.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.020.29811040.23292117X-RAY DIFFRACTION63.1
2.02-2.10.2641050.22092276X-RAY DIFFRACTION68.1
2.1-2.20.22831170.20222422X-RAY DIFFRACTION72.4
2.2-2.310.23031510.19662581X-RAY DIFFRACTION77.2
2.31-2.460.22311500.1932719X-RAY DIFFRACTION81.4
2.46-2.650.21891760.18812913X-RAY DIFFRACTION87.2
2.65-2.910.21731540.19213179X-RAY DIFFRACTION93.2
2.91-3.330.22981790.18943266X-RAY DIFFRACTION96.5
3.33-4.20.16861660.16793381X-RAY DIFFRACTION97.8
4.2-200.21271740.18083538X-RAY DIFFRACTION98
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6azm2.param
X-RAY DIFFRACTION7p34.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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