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- PDB-4wbd: The crystal structure of BshC from Bacillus subtilis complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wbd
タイトルThe crystal structure of BshC from Bacillus subtilis complexed with citrate and ADP
要素BSHC
キーワードLIGASE / Bacililthiol / cysteine / rossmann
機能・相同性Bacillithiol biosynthesis BshC / Bacillithiol biosynthesis BshC, N-terminal Rossmann-like domain / 合成酵素 / ligase activity / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / Putative cysteine ligase BshC
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Cook, P.D. / VanDuinen, A.J. / Winchell, K.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM093507 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM030910 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of BshC, a Unique Enzyme Involved in Bacillithiol Biosynthesis.
著者: VanDuinen, A.J. / Winchell, K.R. / Keithly, M.E. / Cook, P.D.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BSHC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6534
ポリマ－62,9411
非ポリマー7113
水4,143230
1
A: BSHC
ヘテロ分子

A: BSHC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3068
ポリマ－125,8832
非ポリマー1,4236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area5480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area46910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.530, 92.160, 87.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 BSHC / UPF0747 protein YllA


分子量: 62941.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yllA, BSU15120 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P55342
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M tribasic sodium citrate, 10% PEG 3350, 7.5 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→26.8 Å / Num. obs: 56473 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→26.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.244 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 2865 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 53595 --
obs0.1696 53595 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.16 Å2 / Biso mean: 24.058 Å2 / Biso min: 9.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å2-0.95 Å2
2---0.57 Å2-0 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4352 0 46 230 4628
Biso mean--29.3 30.62 -
残基数----540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9666105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82939776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9585543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05424.758227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60115798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.911526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4752.0942169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4712.0932168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3253.1312713
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 197 -
Rwork0.222 3955 -
all-4152 -
obs--99.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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