PDB-4wb0: Crystal structure of the broad specificity aminotransferase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wb0

タイトル

Crystal structure of the broad specificity aminotransferase from Leishmania mexicana

要素

(Broad specificity aminotransferase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / transamination / broad specificity / pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Wen, J. / Nowicki, C. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the relaxed substrate selectivity of Leishmania mexicana broad specificity aminotransferase.
著者: Wen, J. / Nowicki, C. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2014年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wb0.cif.gz	479.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wb0.ent.gz	399.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wb0_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wb0_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	4wb0_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	4wb0_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cstS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7aat-d 6f5v-1 3hlm-2 6dnd-d 1c9c-1 1oxo-d 1asf-1 4f5m-d 3fsl-3 5wmi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Broad specificity aminotransferase

B: Broad specificity aminotransferase

ヘテロ分子

93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.418, 90.564, 142.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Broad specificity aminotransferase 分子量: 46470.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71PB4
#2: タンパク質	Broad specificity aminotransferase 分子量: 46454.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71PB4
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate 分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M tri-sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate / PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→86.4 Å / Num. obs: 86628 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CST

2cst

解像度: 1.91→76.381 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	4344	5.03 %
R_work	0.1766	-	-
obs	0.1783	86399	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→76.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6318	0	10	474	6802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	6579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.415	8959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.688	2423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.9317	0.3057	123	0.2606	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9317-1.9544	0.2362	133	0.2494	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9544-1.9783	0.31	139	0.2461	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9783-2.0033	0.2866	147	0.2398	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0033-2.0297	0.2662	137	0.2275	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0297-2.0575	0.2588	138	0.2066	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0575-2.0869	0.2362	159	0.2112	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0869-2.118	0.2282	133	0.1965	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.118-2.1511	0.2069	138	0.1922	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1511-2.1864	0.2489	143	0.1999	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1864-2.2241	0.2482	139	0.189	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2241-2.2646	0.2216	134	0.1899	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2646-2.3081	0.2616	157	0.1831	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3081-2.3552	0.2096	144	0.1825	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3552-2.4064	0.2221	122	0.1789	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4064-2.4624	0.2102	166	0.1825	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4624-2.524	0.2154	142	0.1779	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.524-2.5923	0.2409	141	0.1837	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5923-2.6685	0.2416	146	0.1822	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6685-2.7547	0.2008	144	0.1769	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7547-2.8531	0.2021	133	0.1855	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8531-2.9674	0.2131	163	0.1848	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9674-3.1024	0.2286	139	0.1908	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1024-3.266	0.2391	153	0.1881	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.266-3.4706	0.2283	139	0.1776	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4706-3.7386	0.1754	158	0.1621	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7386-4.1148	0.1963	153	0.1525	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1148-4.7101	0.1682	156	0.1372	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7101-5.9339	0.1768	149	0.1553	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9339-76.4424	0.197	176	0.1752	2931	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9047	-0.5185	0.7713	3.9989	0.332	0.6988	0.0835	0.5807	-0.1334	-0.4842	-0.1121	0.0087	0.1244	-0.0482	0.1006	0.3372	-0.0078	0.0682	0.502	-0.0588	0.2712	-17.1594	18.1721	-32.5768
2	3.9461	0.1127	-0.8087	0.891	-0.1369	1.3872	-0.0952	0.189	-0.1082	0.1514	-0.0293	0.0362	0.0806	-0.1446	0.0928	0.237	-0.0508	0.0038	0.173	-0.0257	0.1503	-14.66	17.6297	-9.4851
3	2.9365	-0.7712	-0.0213	7.3905	-5.465	6.3663	-0.0682	0.4477	0.492	-0.1048	0.2658	0.5062	0.0102	-0.7955	-0.1763	0.2518	-0.0155	0.0002	0.5006	-0.009	0.3295	-38.9362	29.0766	-11.3682
4	2.1796	-0.1781	-0.5091	1.0392	-0.048	1.0775	-0.0279	0.0569	0.0383	0.0883	0.0013	0.0776	0.0185	-0.1456	0.0403	0.2198	-0.0408	0.0134	0.2055	-0.014	0.1655	-21.4593	22.7685	-5.2516
5	2.3779	-0.2378	0.6829	2.3216	-1.09	1.4961	-0.1351	0.3941	0.5284	-0.158	0.0753	0.1743	-0.1192	-0.2698	0.0555	0.222	0.0109	0.0207	0.3616	0.0532	0.2062	-20.9176	35.746	-24.7428
6	6.1891	-3.06	-1.3566	1.6937	-0.2129	1.2092	-0.3033	-0.3397	-1.0092	0.2725	-0.0371	0.2002	0.0932	0.1265	0.3682	0.3517	-0.0937	-0.0262	0.2625	-0.1052	0.3448	-1.4577	4.1315	-1.2391
7	1.864	0.1088	0.169	3.4188	0.5479	1.0137	0.0616	0.3112	-0.5214	0.0744	-0.2165	0.076	0.3904	-0.0439	0.0845	0.3757	-0.0533	0.0362	0.2899	-0.1259	0.3033	-5.3655	-1.8239	-23.5459
8	1.4774	-0.3434	-0.1367	1.7301	-0.0447	1.2985	0.0697	0.3428	-0.4023	-0.2139	-0.1626	-0.1656	0.3692	0.1574	0.0947	0.3436	0.0185	0.0443	0.3063	-0.0859	0.3054	2.3031	-1.339	-26.0152
9	2.5402	0.0886	0.4026	2.1285	0.0284	2.5852	0.2188	-0.2933	-0.6599	0.0967	-0.7337	-0.9827	0.7674	0.441	0.3732	0.564	0.0682	-0.0438	0.3705	0.1595	0.6662	14.3724	-11.3717	-3.6579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 291 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 292 through 410 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 189 through 342 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 343 through 408 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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