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- PDB-4upk: Phosphonate monoester hydrolase SpPMH from Silicibacter pomeroyi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4upk
タイトルPhosphonate monoester hydrolase SpPMH from Silicibacter pomeroyi
要素PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / ALAKALINE PHOSPHATASE SUPERFAMILY / PROMISCUITY
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3360 / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphonate monoester hydrolase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種RUEGERIA POMEROYI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Valkov, E. / van Loo, B. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Balancing Specificity and Promiscuity in Enzyme Evolution: Multidimensional Activity Transitions in the Alkaline Phosphatase Superfamily.
著者: van Loo, B. / Bayer, C.D. / Fischer, G. / Jonas, S. / Valkov, E. / Mohamed, M.F. / Vorobieva, A. / Dutruel, C. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年12月19日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE
B: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE
C: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,6313
ポリマ－180,6313
非ポリマー00
水15,331851
1
A: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

A: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

B: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

B: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,8414
ポリマ－240,8414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-11
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area15840 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area67240 Å2
手法PISA
2
C: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

C: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

C: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

C: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,8414
ポリマ－240,8414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area15940 Å2
ΔGint-46.4 kcal/mol
Surface area67210 Å2
手法PISA
3
B: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

B: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

A: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE

A: PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,8414
ポリマ－240,8414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation6_556-x+1/2,-y+1/2,z+11
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area15840 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area67240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.500, 274.620, 96.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2116-

HOH

21A-2117-

HOH

31C-2085-

HOH

41C-2105-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.3334, 0.9428, 0.001135), (0.9428, -0.3334, -0.000943), (-0.000511, 0.001384, -1)-33.07, 46.71, 103.9
2given(-0.8184, -0.5746, -0.002245), (-0.5746, 0.8184, -0.00055), (0.002153, 0.00084, -1)204.5, 10.97, 51.72

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量: 60210.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RUEGERIA POMEROYI (バクテリア) / 株: DSS-3
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS AND CELL CULTURE (DSMZ)
プラスミド: PASK-IBA5PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LKJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL SEQUENCE MASWSHPQFEKGAETAVPNSSSVPGDPSS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M BIS-TRIS-PROPANE PH 7.0, 9% (W/V) PEG 8000, 0.2 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→19.75 Å / Num. obs: 119850 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 28.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.39 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VQR

2vqr


解像度: 2.24→18.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8787 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8416 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 6018 5.03 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.198 119744 99.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0857 Å20 Å20 Å2
2---1.214 Å20 Å2
3---8.2997 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→18.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12030 0 0 851 12881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112393HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0416923HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4092SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes294HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1842HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12393HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1578SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14771SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 381 4.74 %
Rwork0.2122 7649 -
all0.2136 8030 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32260.0799-0.24140.0691-0.25350.5926-0.017-0.0299-0.0464-0.0153-0.0266-0.02080.07660.01940.0436-0.0617-0.03460.0311-0.0232-0.0226-0.055867.075181.668426.4028
20.1920.01330.23560.21480.08570.5682-0.03550.02430.0328-0.05-0.00390.0190.03030.00870.0394-0.0733-0.04760.0222-0.0028-0.0273-0.068766.391682.650277.572
30.1050.0397-0.05670.12420.03280.732-0.0460.064-0.0013-0.0567-0.01130.0098-0.0326-0.09530.0573-0.03790.0031-0.0018-0.0328-0.0117-0.070571.7683136.80825.597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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