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- PDB-4u1y: Full length GluA2-FW-(R,R)-2b complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u1y
タイトルFull length GluA2-FW-(R,R)-2b complex
要素Glutamate receptor 2
キーワードTransport protein / Membrane protein / AMPA receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / perisynaptic space / Activation of AMPA receptors / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / perisynaptic space / Activation of AMPA receptors / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / asymmetric synapse / ionotropic glutamate receptor complex / conditioned place preference / regulation of receptor recycling / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of long-term synaptic depression / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / somatodendritic compartment / dendrite membrane / ionotropic glutamate receptor binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / dendritic shaft / SNARE binding / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / modulation of chemical synaptic transmission / receptor internalization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / perikaryon / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region ...Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWD / Chem-FWF / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.8999 Å
データ登録者Chen, L. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure and Dynamics of AMPA Receptor GluA2 in Resting, Pre-Open, and Desensitized States.
著者: Durr, K.L. / Chen, L. / Stein, R.A. / De Zorzi, R. / Folea, I.M. / Walz, T. / Mchaourab, H.S. / Gouaux, E.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,55013
ポリマ－368,0574
非ポリマー2,4949
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23990 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area131290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.250, 151.440, 330.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and resid 8:383
21chain B and resid 8:383
31chain C and resid 8:383
41chain D and resid 8:383
12chain A and resid 393:505
22chain B and resid 393:505
32chain C and resid 393:505
42chain D and resid 393:505
13chain A and resid 635:769
23chain B and resid 635:769
33chain C and resid 635:769
43chain D and resid 635:769
14chain A and resid 514:544
24chain B and resid 514:544
34chain C and resid 514:544
44chain D and resid 514:544
15chain A and resid 597:622
25chain B and resid 597:622
35chain C and resid 597:622
45chain D and resid 597:622
16chain A and resid 790:816
26chain B and resid 790:816
36chain C and resid 790:816
46chain D and resid 790:816

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and resid 8:383A8 - 383
211chain B and resid 8:383B8 - 383
311chain C and resid 8:383C8 - 383
411chain D and resid 8:383D8 - 383
112chain A and resid 393:505A393 - 505
212chain B and resid 393:505B393 - 505
312chain C and resid 393:505C393 - 505
412chain D and resid 393:505D393 - 505
113chain A and resid 635:769A635 - 769
213chain B and resid 635:769B635 - 769
313chain C and resid 635:769C635 - 769
413chain D and resid 635:769D635 - 769
114chain A and resid 514:544A514 - 544
214chain B and resid 514:544B514 - 544
314chain C and resid 514:544C514 - 544
414chain D and resid 514:544D514 - 544
115chain A and resid 597:622A597 - 622
215chain B and resid 597:622B597 - 622
315chain C and resid 597:622C597 - 622
415chain D and resid 597:622D597 - 622
116chain A and resid 790:816A790 - 816
216chain B and resid 790:816B790 - 816
316chain C and resid 790:816C790 - 816
416chain D and resid 790:816D790 - 816

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 92014.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 細胞株 (発現宿主): Ric15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-FWD / 2-AMINO-3-(5-FLUORO-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-PROPIONIC ACID / FLUORO-WILLARDIINE


分子量: 217.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8FN3O4
#4: 化合物 ChemComp-FWF / N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide


分子量: 480.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H36N2O4S2
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole pH 6.2, 9% PEG1450, 3% TMAO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→64.99 Å / Num. obs: 56784 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.12 % / Biso Wilson estimate: 140.44 Å2 / Net I/σ(I): 6.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 3.8999→19.973 Å / FOM work R set: 0.7232 / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3035 2275 5 %
Rwork0.2682 43245 -
obs0.27 45520 93.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 421.67 Å2 / Biso mean: 175.6 Å2 / Biso min: 61.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8999→19.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22093 0 124 0 22217
Biso mean--144.23 --
残基数----2911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02130846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2787882
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6407X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
12B6407X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
13C6407X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
14D6407X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
21A2078X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
22B2078X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
23C2078X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
24D2078X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
31A2486X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
32B2486X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
33C2486X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
34D2486X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
41A483X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
42B483X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
43C483X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
44D483X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
51A423X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
52B423X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
53C423X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
54D423X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
61A409X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
62B409X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
63C409X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
64D409X-RAY DIFFRACTION11.227TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8999-3.9840.3631610.35291318137946
3.984-4.07590.39111090.35021945205468
4.0759-4.1770.39271170.33452471258886
4.177-4.28880.36461510.3252811296299
4.2888-4.41370.33441450.319828372982100
4.4137-4.55450.41121570.31742839299699
4.5545-4.71530.34761510.294728583009100
4.7153-4.90140.28341560.263228382994100
4.9014-5.12090.33351630.26328643027100
5.1209-5.38590.36341480.261628653013100
5.3859-5.71590.31191410.265328693010100
5.7159-6.14530.32481600.272829133073100
6.1453-6.7420.29351580.256728703028100
6.742-7.66880.26631580.24429313089100
7.6688-9.48640.24841380.236529663104100
9.4864-19.97310.26521620.248230503212100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37160.4303-0.77352.9-0.15714.0885-0.684-0.0191-0.5802-0.3498-0.2431-0.95290.13711.32781.04551.3788-0.40730.45821.21860.14011.527897.1306-11.341854.1828
23.9101-1.3772-0.0912.3999-0.78661.1830.4696-0.03250.44580.2253-0.2263-1.1881-0.59030.9733-0.03151.06710.32050.02221.5495-0.49191.585886.41842.3098104.936
30.75670.02340.69432.4971.40121.40520.60390.19540.40642.1796-0.4814-0.369-0.350.17810.40982.58890.00170.50021.1221-0.28492.606451.059616.8466154.6733
41.01410.87360.08362.1544-0.36452.32990.0423-0.3977-0.25360.76330.54690.2665-1.21940.5386-1.02411.6260.5269-0.00811.9216-0.20781.394661.257214.7413123.3025
51.18520.0051.38490.88640.65591.33780.4402-0.3112-0.8863-0.03590.3218-0.0089-1.0433-1.0956-1.31771.66990.19910.00181.37340.13451.408871.6184-2.0759124.7918
62.4864-1.89140.63443.24321.68042.8393-0.17080.43960.6122-0.82550.14950.1489-0.2433-0.4534-0.06120.9553-0.4677-0.05221.24290.24851.240180.270919.483145.6479
72.4647-0.1434-0.43623.0595-0.11292.6217-1.77420.97172.28371.1798-1.1064-2.5362-1.99221.4966-0.0076-0.06461.29222.3397-0.4113-1.2831-0.87943.400637.933992.3638
83.90591.10661.12420.86690.61240.425-0.7899-0.6055-0.533-0.9065-0.7286-0.03741.16280.46151.91890.86481.53591.36632.05621.03543.630624.712511.8728152.3529
90.71920.3747-0.02380.48760.97223.29630.0996-0.0326-0.37880.1073-0.3067-0.37140.8012-0.5419-0.50991.81180.4250.35241.22090.08441.504435.925631.2091123.9717
100.93681.33141.20510.8191-0.81562.84270.2575-0.0474-0.28350.57350.1328-0.03180.23090.2995-0.07381.4780.49590.26970.9056-0.13061.182338.424525.6441119.0066
113.0463-0.4987-0.05841.97691.2392.21880.8595-1.0731.5482-0.3551-0.1160.752-1.21441.0769-0.59251.7784-1.1020.50212.2973-0.44692.486814.754334.963147.0777
121.7065-0.31680.3842.883-0.03623.6842-0.0547-0.4625-0.39440.13230.01621.76821.6042-0.99860.10280.880.23540.42221.4683-0.02161.443613.437520.426993.4917
133.4593-0.2306-0.02880.81960.4170.21170.80131.91760.09120.28580.2232-0.5939-0.2788-0.2355-0.72913.3345-0.10430.28041.71050.17892.156331.1828-13.7954147.0925
14-0.26940.03160.04220.261-1.4691.2204-0.41720.013-0.53230.04330.1995-0.53340.83980.0869-0.50962.33880.40160.57081.11680.09721.870330.65311.6615114.9676
151.69460.4448-2.04480.5732-0.64791.64440.1441-0.95350.07150.7565-0.1323-0.8294-0.4373-0.0361-0.24131.5813-0.08170.06291.30480.04621.319620.269616.9204119.2691
162.5098-0.63280.79511.46230.14451.2326-0.0016-0.1183-1.1666-0.90440.2302-0.4857-0.0297-0.3417-0.33231.6721-0.88790.30912.58-0.26882.244431.4414.782939.4897
174.4911-1.10310.40383.5708-0.01553.7586-0.4712-0.3982-0.957-0.60960.40620.48980.2899-0.03050.06371.34780.13030.37360.66620.02970.872160.0528-12.321988.8329
180.7846-0.32340.86130.1855-0.37550.8529-0.28250.1346-1.1554-1.36420.80290.32421.29920.9353-0.05972.92842.57580.17063.0322-0.54941.215155.1012-8.4777147.6586
190.81422.00451.11481.99640.09244.178-0.0916-0.0995-0.88421.1609-0.1949-1.12331.8601-1.2295-0.91762.31140.71740.3291.50660.7872.528155.0706-15.8588119.1335
200.14140.2308-1.86890.352-0.24562.3656-0.982-0.46910.39430.74310.51240.47181.01240.60820.38762.33940.65970.63411.097-0.11591.478854.5675-9.0573116.1023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:382)A1 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 383:507)A383 - 507
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 508:545)A508 - 545
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 550:721)A550 - 721
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 722:817)A722 - 817
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:382)B1 - 382
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 383:507)B383 - 507
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 508:545)B508 - 545
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 550:721)B550 - 721
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 722:817)B722 - 817
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:382)C1 - 382
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 383:507)C383 - 507
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 508:545)C508 - 545
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 550:721)C550 - 721
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 722:817)C722 - 817
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 1:382)D1 - 382
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 383:507)D383 - 507
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 508:545)D508 - 545
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 550:721)D550 - 721
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 722:817)D722 - 817

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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