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- PDB-4u01: HCV NS3/4A serine protease in complex with 6570 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u01
タイトルHCV NS3/4A serine protease in complex with 6570
要素
  • NS4A protein
  • Non-structural 3 protease
キーワードHYDROLASE / HVC / NS3/4A protease / drug design / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / viral process / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity ...positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / viral process / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral genome replication / virion component / SH3 domain binding / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39W / Non-structural 3 protease / NS4A protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Parsy, C.C. / Alexandre, F.-R. / Brandt, G. / Caillet, C. / Chaves, D. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L.B. / Leroy, F. ...Parsy, C.C. / Alexandre, F.-R. / Brandt, G. / Caillet, C. / Chaves, D. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L.B. / Leroy, F. / Liuzzi, M. / Loi, A.-G. / Mayes, B. / Moulat, L. / Moussa, A. / Chiara, M. / Roques, V. / Rosinovsky, E. / Seifer, M. / Stewart, A. / Wang, J. / Standring, D. / Surleraux, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery and structural diversity of the hepatitis C virus NS3/4A serine protease inhibitor series leading to clinical candidate IDX320.
著者: Parsy, C.C. / Alexandre, F.R. / Bidau, V. / Bonnaterre, F. / Brandt, G. / Caillet, C. / Cappelle, S. / Chaves, D. / Convard, T. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L.B. / Leroy, ...著者: Parsy, C.C. / Alexandre, F.R. / Bidau, V. / Bonnaterre, F. / Brandt, G. / Caillet, C. / Cappelle, S. / Chaves, D. / Convard, T. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L.B. / Leroy, F. / Liuzzi, M. / Loi, A.G. / Moulat, L. / Chiara, M. / Rahali, H. / Roques, V. / Rosinovsky, E. / Savin, S. / Seifer, M. / Standring, D. / Surleraux, D.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Non-structural 3 protease
B: Non-structural 3 protease
C: Non-structural 3 protease
D: Non-structural 3 protease
E: Non-structural 3 protease
F: Non-structural 3 protease
G: Non-structural 3 protease
H: Non-structural 3 protease
J: Non-structural 3 protease
K: NS4A protein
L: NS4A protein
M: NS4A protein
N: NS4A protein
O: NS4A protein
P: NS4A protein
Q: NS4A protein
T: NS4A protein
U: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,98240
ポリマ－208,33118
非ポリマー7,65122
水00
1
A: Non-structural 3 protease
K: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9824
ポリマ－23,1482
非ポリマー8342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural 3 protease
L: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0185
ポリマ－23,1482
非ポリマー8703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
3
C: Non-structural 3 protease
M: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9824
ポリマ－23,1482
非ポリマー8342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
4
D: Non-structural 3 protease
N: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0185
ポリマ－23,1482
非ポリマー8703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
5
E: Non-structural 3 protease
O: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0185
ポリマ－23,1482
非ポリマー8703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
6
F: Non-structural 3 protease
P: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9824
ポリマ－23,1482
非ポリマー8342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
7
G: Non-structural 3 protease
Q: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0185
ポリマ－23,1482
非ポリマー8703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
8
H: Non-structural 3 protease
T: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9824
ポリマ－23,1482
非ポリマー8342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
9
J: Non-structural 3 protease
U: NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9824
ポリマ－23,1482
非ポリマー8342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.034, 174.363, 133.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91J
12K
22L
32M
42N
52O
62P
72Q
82T
92U

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 1000
2116B1 - 1000
3116C1 - 1000
4116D1 - 1000
5116E1 - 1000
6116F1 - 1000
7116G1 - 1000
8116H1 - 1000
9116J1 - 1000
1126K210 - 245
2126L210 - 245
3126M210 - 245
4126N210 - 245
5126O210 - 245
6126P210 - 245
7126Q210 - 245
8126T210 - 245
9126U210 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural 3 protease


分子量: 21461.828 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate Con1) (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6N4J4, UniProt: Q9WMX2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
NS4A protein


分子量: 1686.097 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 21-34 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 遺伝子: NS4A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0UY39
#3: 化合物
ChemComp-39W / (2S,3aS,10Z,11aS,12aR)-2-({8-fluoro-7-methoxy-2-[4-(propan-2-yl)-1,3-thiazol-2-yl]quinolin-4-yl}oxy)-5-methyl-N-[(1-methylcyclopropyl)sulfonyl]-4,14-dioxo-1,2,3,3a,4,5,6,7,8,9,11a,12,13,14-tetradecahydro-12aH-cyclopropa[m]pyrrolo[1,2-c][1,3,6]triazacyclotetradecine-12a-carboxamide / IDX320


分子量: 768.918 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H45FN6O7S2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.007 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.23 Å / Num. all: 41838 / Num. obs: 41817 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 68.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 46.337 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.479 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28986 2088 5 %RANDOM
Rwork0.23336 ---
obs0.23618 39729 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12870 0 490 0 13360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02213635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1892.01718675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92329484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17451737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.13421.633441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.345152079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.44415126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.22187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.212959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.26585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.28266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.664211064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.10323636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.896314013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29845922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.92364554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2696loose positional0.35
12B2696loose positional0.45
13C2696loose positional0.475
14D2696loose positional0.275
15E2696loose positional0.265
16F2696loose positional0.295
17G2696loose positional0.295
18H2696loose positional0.285
19J2696loose positional0.265
21K203loose positional0.355
22L203loose positional0.295
23M203loose positional0.325
24N203loose positional0.385
25O203loose positional0.275
26P203loose positional0.315
27Q203loose positional0.275
28T203loose positional0.345
29U203loose positional0.325
11A2696loose thermal3.0510
12B2696loose thermal1.3510
13C2696loose thermal1.6810
14D2696loose thermal1.8310
15E2696loose thermal1.2810
16F2696loose thermal1.4810
17G2696loose thermal1.4610
18H2696loose thermal1.4510
19J2696loose thermal2.510
21K203loose thermal2.8110
22L203loose thermal1.3910
23M203loose thermal1.7710
24N203loose thermal1.3210
25O203loose thermal0.9810
26P203loose thermal1.410
27Q203loose thermal1.210
28T203loose thermal3.3910
29U203loose thermal1.5610
LS精密化 シェル解像度: 2.802→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 149 -
Rwork0.37 2890 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6694-0.58380.15454.0125-0.64956.5047-0.07050.2722-0.54030.0607-0.04630.1930.54070.2650.1169-0.6355-0.00050.0058-0.3367-0.0392-0.338469.1614.14-19.827
25.8612-0.02470.46552.86510.51368.3556-0.03181.1028-0.1292-0.3915-0.27980.43050.2316-1.24990.3116-0.53230.01590.0026-0.0743-0.0835-0.142555.41616.689-28.908
34.8862-1.28830.39817.42151.63889.9232-0.0780.0823-0.11360.0455-0.3150.90720.3571-0.73360.3931-0.3086-0.04540.0433-0.3771-0.06-0.229451.50212.0677.972
46.97312.0479-0.73394.3605-2.42798.47830.0651-1.52950.25471.5585-0.34050.72670.1807-0.95180.27530.1408-0.08460.2026-0.039-0.23660.02346.9514.16623.879
57.23672.8329-1.04399.02192.05485.06210.5005-0.7449-0.57841.5266-0.0404-0.92240.3816-0.1135-0.4601-0.12130.0923-0.2187-0.4040.0064-0.173785.9812.9099.115
69.2842.37160.80574.95150.82774.49970.4013-0.0628-0.51080.29080.151-1.5998-0.31351.1561-0.5524-0.1380.0589-0.2135-0.3299-0.15310.2457100.89219.0264.936
76.0822.85881.665710.84422.73628.47260.3207-0.29740.85621.056-0.6780.957-0.0582-0.33580.3572-0.61870.07710.1625-0.328-0.0177-0.255248.83343.915-6.724
85.96160.8860.70756.38741.34819.69-0.00421.22830.2069-1.2027-0.06450.71790.1724-0.16260.0687-0.45970.2461-0.1523-0.16690.0383-0.146645.62641.24-22.888
97.65450.17241.61577.68971.10384.94950.50410.55980.3278-0.7055-0.2981-0.34650.1120.1169-0.2061-0.4542-0.0158-0.1586-0.31890.0749-0.139482.18346.271-9.651
107.9049-0.9030.64096.8611-0.90856.33330.4420.38040.51110.13910.0191-1.65780.35411.2722-0.4612-0.47610.0575-0.1884-0.2063-0.03920.310997.80543.989-4.319
113.92171.74830.16266.8993-1.75388.2908-0.43540.02760.62550.17220.1917-0.132-1.00621.33010.2438-0.2443-0.2665-0.02530.022-0.0006-0.011267.28244.04920.43
128.60511.36010.09393.99711.21316.8804-0.5156-0.66080.28220.46430.06830.2376-0.7187-1.16050.4473-0.40520.05130.0387-0.3768-0.0529-0.130954.87939.57330.638
138.1405-1.23411.00887.697-2.96878.36960.6090.3889-0.1514-0.5302-0.7325-0.27240.3410.15310.1236-0.56140.0895-0.045-0.27760.0357-0.121268.11170.311-17.871
148.3135-2.18632.06595.4613-0.97327.58720.83281.2332-0.2698-1.3105-0.57140.69860.3014-0.8961-0.2613-0.16340.3336-0.13990.04530.00490.009355.75372.378-28.897
158.42231.68550.54997.5612.66616.6001-0.61941.0218-1.3873-1.04080.6217-0.42280.3728-0.2766-0.00230.0685-0.57940.24080.0049-0.19970.200949.63472.3649.457
1611.62515.4114-1.50268.04221.71875.2918-0.3571-1.0559-0.46620.65930.0509-0.1654-0.0326-0.31820.3061-0.0788-0.31020.1180.01790.12030.011646.07577.01125.047
179.7653-1.0905-0.07427.5699-2.91088.18040.4995-1.2881-0.2692.8481-0.1809-0.63230.18270.2587-0.31850.4316-0.0652-0.2218-0.0384-0.13310.253182.97172.46712.108
186.20194.44170.61184.22-0.44020.80310.0703-0.6579-0.66750.6091-0.4328-1.62170.53291.4890.36250.43440.1473-0.2180.5693-0.11781.408798.47774.5936.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 182
3X-RAY DIFFRACTION2K220 - 232
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 94
5X-RAY DIFFRACTION4B95 - 182
6X-RAY DIFFRACTION4L220 - 232
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 94
8X-RAY DIFFRACTION6C95 - 182
9X-RAY DIFFRACTION6M220 - 232
10X-RAY DIFFRACTION7D1 - 94
11X-RAY DIFFRACTION8D95 - 182
12X-RAY DIFFRACTION8N220 - 232
13X-RAY DIFFRACTION9E1 - 94
14X-RAY DIFFRACTION10E95 - 182
15X-RAY DIFFRACTION10O220 - 232
16X-RAY DIFFRACTION11F1 - 94
17X-RAY DIFFRACTION12F95 - 182
18X-RAY DIFFRACTION12P220 - 232
19X-RAY DIFFRACTION13G1 - 94
20X-RAY DIFFRACTION14G95 - 182
21X-RAY DIFFRACTION14Q220 - 232
22X-RAY DIFFRACTION15H1 - 94
23X-RAY DIFFRACTION16H95 - 182
24X-RAY DIFFRACTION16T220 - 232
25X-RAY DIFFRACTION17J1 - 94
26X-RAY DIFFRACTION18J95 - 182
27X-RAY DIFFRACTION18U220 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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