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- PDB-4pn1: Structure of S. pombe Pct1 RNA triphosphatase in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pn1
タイトルStructure of S. pombe Pct1 RNA triphosphatase in complex with the Spt5 CTD
要素
  • Synthetic peptide
  • mRNA-capping enzyme subunit beta
キーワードHYDROLASE/TRANSCRIPTION REGULATOR / mRNA triphosphatase / hydrolase / polynucleotide 5' triphosphatase / mRNA processing / mRNA capping / dimer / transcription elongation factor / HYDROLASE-TRANSCRIPTION REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / 7-methylguanosine mRNA capping / ATP hydrolysis activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA triphosphatase Cet1-like / RNA 5'-triphosphatase Cet1/Ctl1 / mRNA capping enzyme, beta chain / mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like superfamily / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / CYTH-like domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / mRNA-capping enzyme subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Lima, C.D. / Doamekpor, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM061906 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2015
タイトル: Fission yeast RNA triphosphatase reads an Spt5 CTD code.
著者: Doamekpor, S.K. / Schwer, B. / Sanchez, A.M. / Shuman, S. / Lima, C.D.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-capping enzyme subunit beta
B: mRNA-capping enzyme subunit beta
C: mRNA-capping enzyme subunit beta
D: mRNA-capping enzyme subunit beta
E: Synthetic peptide
F: Synthetic peptide
G: Synthetic peptide
H: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,37016
ポリマ－149,9698
非ポリマー4008
水2,252125
1
A: mRNA-capping enzyme subunit beta
B: mRNA-capping enzyme subunit beta
E: Synthetic peptide
F: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2479
ポリマ－74,9854
非ポリマー2625
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
2
C: mRNA-capping enzyme subunit beta
D: mRNA-capping enzyme subunit beta
G: Synthetic peptide
H: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1237
ポリマ－74,9854
非ポリマー1383
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area49770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.603, 251.542, 75.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
mRNA-capping enzyme subunit beta / Polynucleotide 5'-triphosphatase / mRNA 5'-triphosphatase / TPase


分子量: 35586.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: pct1 / プラスミド: pSMT3 / 詳細 (発現宿主): his-tagged SUMO fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9P6Q6, polynucleotide 5'-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
Synthetic peptide


分子量: 1906.022 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide derived from the repeating sequence found at the C-terminal domain of Spt5
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3.0 M sodium formate cryo-protected in 3.2 M sodium formate and 20% (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 49568 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PN0

4pn0


解像度: 2.803→48.362 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 2236 4.95 %Random selection
Rwork0.1914 ---
obs0.1942 45150 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→48.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8672 0 26 125 8823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68111946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7343412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8033-2.86420.32151250.26022568X-RAY DIFFRACTION97
2.8642-2.93080.34871200.25712676X-RAY DIFFRACTION99
2.9308-3.00410.31761240.24712646X-RAY DIFFRACTION99
3.0041-3.08530.29671310.22812652X-RAY DIFFRACTION99
3.0853-3.17610.3091430.22072638X-RAY DIFFRACTION99
3.1761-3.27860.26621440.19922663X-RAY DIFFRACTION99
3.2786-3.39580.26711490.18912628X-RAY DIFFRACTION99
3.3958-3.53170.27441380.18762674X-RAY DIFFRACTION99
3.5317-3.69240.22881370.18022676X-RAY DIFFRACTION100
3.6924-3.8870.22711540.17092665X-RAY DIFFRACTION100
3.887-4.13040.2311360.16122695X-RAY DIFFRACTION99
4.1304-4.44910.21681460.14862702X-RAY DIFFRACTION99
4.4491-4.89640.19331380.13712696X-RAY DIFFRACTION99
4.8964-5.6040.20991510.16872727X-RAY DIFFRACTION99
5.604-7.0570.26991440.22392762X-RAY DIFFRACTION100
7.057-48.36880.24241560.22982846X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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