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- PDB-4oi0: bound to ssRNA dinucleotide GC, ADP, AlF4-, and Mg2+(transition s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oi0
タイトルbound to ssRNA dinucleotide GC, ADP, AlF4-, and Mg2+(transition state, data set I)
要素
  • Protein clpf-1
  • RNA (5'-R(*GP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / polynucleotide kinase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal domain / Clp1, DNA binding domain / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain / Clp1, C-terminal domain superfamily / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain superfamily / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1 / N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain ...Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal domain / Clp1, DNA binding domain / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain / Clp1, C-terminal domain superfamily / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain superfamily / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1 / N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / SARCOSINE / RNA / Protein clpf-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Clausen, T. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: RNA specificity and regulation of catalysis in the eukaryotic polynucleotide kinase clp1.
著者: Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Magler, I. / Clausen, T. / Meinhart, A.
履歴
登録2014年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein clpf-1
B: RNA (5'-R(*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6898
ポリマ－48,5422
非ポリマー1,1476
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.710, 100.710, 40.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein clpf-1


分子量: 47936.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: clpf-1, F59A2.4 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P52874
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*C)-3')


分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized

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非ポリマー , 6種, 141分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-SAR / SARCOSINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#7: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
解説: Diffraction data include Deby-Scherrer rings at 3.62 Angstrom and 2.25 Angstrom resolution from salt in the cryo solution
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Na2HPO4/KH2PO4 200 mM NaCl 15 mM MgCl2 90 mM sarcosine 25% (w/v) PEG 1000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月7日 / 詳細: Rigaku VariMax
放射モノクロメーター: OSMIC KB MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 22553 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→36.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.481 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 1108 5 %RANDOM
Rwork0.22677 ---
obs0.22938 21145 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 40 58 135 3329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1551.9994534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79235514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7185421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60724.406143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6141519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.52022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0831.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77923290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20331309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9894.51231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.577 62 -
Rwork0.562 1223 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.8994-0.8433-1.36951.5016-0.37092.3553-0.2834-0.04520.27180.15550.15320.0050.05120.04970.13020.19350.05570.02260.02840.01320.0249-2.597515.0663-4.5305
21.2145-0.5399-0.24813.14380.32392.17610.02380.00760.14140.0688-0.04560.0642-0.1421-0.22790.02180.09460.02290.0290.0865-0.00980.0471-18.13325.72825.0976
34.19920.62240.17896.52640.21194.5438-0.1119-0.15660.6506-0.02270.16110.2428-0.448-0.2357-0.04920.24490.06360.03240.0719-0.01310.3189-14.911951.72386.1949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3A311 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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