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- PDB-4nsw: Crystal structure of the BAR-PH domain of ACAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nsw
タイトルCrystal structure of the BAR-PH domain of ACAP1
要素Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COILED-COIL / BAR DOMAIN / PH DOMAIN / GTPASE ACTIVATION / membrane remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator activity / recycling endosome membrane / protein transport / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ArfGAP ACAP1/2/3-like / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain ...ArfGAP ACAP1/2/3-like / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pang, X. / Zhang, K. / Ma, J. / Zhou, Q. / Sun, F.
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2014
タイトル: A PH domain in ACAP1 possesses key features of the BAR domain in promoting membrane curvature.
著者: Xiaoyun Pang / Jun Fan / Yan Zhang / Kai Zhang / Bingquan Gao / Jun Ma / Jian Li / Yuchen Deng / Qiangjun Zhou / Edward H Egelman / Victor W Hsu / Fei Sun /
要旨: The BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain undergoes dimerization to produce a curved protein structure, which superimposes onto membrane through electrostatic interactions to sense and impart membrane ...The BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain undergoes dimerization to produce a curved protein structure, which superimposes onto membrane through electrostatic interactions to sense and impart membrane curvature. In some cases, a BAR domain also possesses an amphipathic helix that inserts into the membrane to induce curvature. ACAP1 (Arfgap with Coil coil, Ankyrin repeat, and PH domain protein 1) contains a BAR domain. Here, we show that this BAR domain can neither bind membrane nor impart curvature, but instead requires a neighboring PH (Pleckstrin Homology) domain to achieve these functions. Specific residues within the PH domain are responsible for both membrane binding and curvature generation. The BAR domain adjacent to the PH domain instead interacts with the BAR domains of neighboring ACAP1 proteins to enable clustering at the membrane. Thus, we have uncovered the molecular basis for an unexpected and unconventional collaboration between PH and BAR domains in membrane bending.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
B: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6692
ポリマ－86,6692
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11880 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area37050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.460, 59.720, 168.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / Centaurin-beta-1 / Cnt-b1


分子量: 43334.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAP1, CENTB1, KIAA0050 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15027
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M AMMONIUM CITRATE, 10% PEG3350, 6.0MM OCTYL BETA-THIOGLUCOPYRANOSIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A111
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A20.9790.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年6月7日
ADSC QUANTUM 2702CCD2009年6月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111) DOUBLE CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
反射解像度: 2.2→29.85 Å / Num. all: 43164 / Num. obs: 41826 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
OASISモデル構築
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
OASIS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 15.9 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2059 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.214 41114 --
obs0.214 39141 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.373 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å2-2.2 Å2
2--3.62 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5839 0 0 146 5985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9687986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0265728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27923.186295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.492151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0531566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.671.53630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28425808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22732305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7284.52178
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 156 -
Rwork0.278 2649 -
obs--89.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4414-0.93794.17930.5072-0.34643.10950.0591-0.38990.0035-0.002-0.05320.0088-0.0058-0.1774-0.00590.1129-0.00640.10.09120.01580.0986-15.6157-1.341132.4278
24.717-1.46372.0960.7811-0.65441.5940.0938-0.3448-0.08950.0648-0.0007-0.03490.16780.0325-0.09310.1822-0.01250.05830.15120.03740.130311.0239-8.379246.2037
35.86970.081-0.57614.9024-3.434710.37020.14780.0479-0.1296-0.1963-0.1195-0.03960.7290.4054-0.02830.53580.1038-0.13650.22750.03430.227140.2939-35.972282.2715
42.25891.46550.14779.00112.63974.0609-0.43530.4440.5067-1.46710.02170.6167-0.8487-0.10750.41350.51840.1013-0.16760.2850.02240.3011-46.88662.0681-12.8652
51.4967-0.28350.9680.2283-0.15660.65090.0936-0.00850.0946-0.0411-0.1233-0.03640.1058-0.00150.02970.23390.00890.09630.36880.04680.2676-9.5988-5.670931.8679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3A251 - 364
4X-RAY DIFFRACTION4B251 - 361
5X-RAY DIFFRACTION5A401 - 479
6X-RAY DIFFRACTION5B401 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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