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- PDB-4mce: Crystal structure of the Gas5 GRE Mimic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mce
タイトルCrystal structure of the Gas5 GRE Mimic
要素
  • Gas5 GREM Fwd
  • Gas5 GREM Rev
キーワードRNA / RNA Double Helix
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Hudson, W.H. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Conserved sequence-specific lincRNA-steroid receptor interactions drive transcriptional repression and direct cell fate.
著者: Hudson, W.H. / Pickard, M.R. / de Vera, I.M. / Kuiper, E.G. / Mourtada-Maarabouni, M. / Conn, G.L. / Kojetin, D.J. / Williams, G.T. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22018年3月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gas5 GREM Fwd
B: Gas5 GREM Rev
C: Gas5 GREM Fwd
D: Gas5 GREM Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6107
ポリマ－13,3224
非ポリマー2883
水95553
1
A: Gas5 GREM Fwd
B: Gas5 GREM Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8534
ポリマ－6,6612
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area3970 Å2
手法PISA
2
C: Gas5 GREM Fwd
D: Gas5 GREM Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7573
ポリマ－6,6612
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area4030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.485, 43.485, 173.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

21B-101-

SO4

31B-102-

SO4

41B-102-

SO4

51D-101-

SO4

61D-101-

SO4

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要素

#1: RNA鎖 Gas5 GREM Fwd


分子量: 3154.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 Gas5 GREM Rev


分子量: 3506.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.05 M sodium succinate pH 5.5 0.5 mM spermine 0.02 M magnesium chloride 3 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 6292 / Num. obs: 6216 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.205→21.743 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 612 9.97 %
Rwork0.1809 --
obs0.19 6140 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.068 Å2 / ksol: 0.474 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1784 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.1784 Å20 Å2
3---0.3568 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→21.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 857 15 53 925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7641497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.885476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2081-2.42990.31581580.24111370X-RAY DIFFRACTION89
2.4299-2.78080.34981520.22951364X-RAY DIFFRACTION90
2.7808-3.50080.2681470.17641399X-RAY DIFFRACTION90
3.5008-20.67880.21341540.15291379X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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