[日本語] English
万見
- PDB-4m55: Crystal structure of Human UDP-xylose synthase R236H substitution -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m55
タイトルCrystal structure of Human UDP-xylose synthase R236H substitution
要素UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
キーワードLYASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / DECARBOXYLASE / MEMBRANE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucuronate decarboxylase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / D-xylose metabolic process / Golgi cisterna membrane / NAD+ binding / catalytic complex / Golgi membrane ...UDP-glucuronate decarboxylase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / D-xylose metabolic process / Golgi cisterna membrane / NAD+ binding / catalytic complex / Golgi membrane / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / UDP-glucuronic acid decarboxylase / UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYROPHOSPHATE 2- / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Walsh Jr., R.M. / Polizzi, S.J. / Wood, Z.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Man o' war mutation in UDP-alpha-D-xylose synthase favors the abortive catalytic cycle and uncovers a latent potential for hexamer formation.
著者: Walsh Jr., R.M. / Polizzi, S.J. / Kadirvelraj, R. / Howard, W.W. / Wood, Z.A.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
B: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
C: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
D: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
E: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
F: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,86019
ポリマ－227,4316
非ポリマー5,42913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.171, 85.145, 292.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: CHAIN C AND SEGID B)
NCSドメイン領域: (Selection details: CHAIN C AND SEGID B)

-
要素

#1: タンパク質
UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 / UDP-glucuronate decarboxylase 1 / UGD / UXS-1


分子量: 37905.125 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 85-420 / 変異: R236H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNQ2538/PRO6079, UXS, UXS1 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NBZ7, UDP-glucuronate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.95
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, 0.1 M imidazole, 0.1 M HCl, pH 5.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→50 Å / Num. obs: 52758 / % possible obs: 99.11 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.15 % / Biso Wilson estimate: 78.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.86-2.965.961.831.27151199.11
2.96-3.136.281.2072.1381151
3.13-3.386.290.5994.2175811
3.38-3.76.240.2887.7169991
3.7-4.146.170.16612.0463511
4.14-4.776.120.09118.3556491
4.77-5.835.940.0821.2848221
5.83-8.195.50.05726.738171
8.19-42.35.50.04434.8822731

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→42.312 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.73 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 2450 5 %RANDOM
Rwork0.2283 ---
obs0.2311 48979 99.92 %-
all-52753 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 323.04 Å2 / Biso mean: 116.5249 Å2 / Biso min: 20 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.581 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→42.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11146 0 337 0 11483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12315812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5384319
Refine LS restraints NCS数: 3879 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 2.563 Å
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.86-2.91840.52521420.5083269728392697
2.9184-2.98180.40251420.3931268928312689
2.9818-3.05120.39491430.3068271228552712
3.0512-3.12740.31521410.2656268128222681
3.1274-3.2120.31711420.2502270728492707
3.212-3.30640.33871430.2486270028432700
3.3064-3.41310.33141410.2344269528362695
3.4131-3.5350.25361430.2064270628492706
3.535-3.67650.28061430.1949271528582715
3.6765-3.84370.2691430.1942272228652722
3.8437-4.04620.28921440.1992272828722728
4.0462-4.29950.27161430.1911273128742731
4.2995-4.63110.25211460.1797275529012755
4.6311-5.09640.20921440.1878274728912747
5.0964-5.83230.3251470.2334278129282781
5.8323-7.34180.27881470.2517281029572810
7.3418-42.31630.26421560.2436295331092953
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2212-0.082-3.42518.1828-2.34738.3417-0.67521.1236-0.2618-1.70640.7142-0.49160.5961-0.1549-0.02681.0942-0.4460.11521.8393-0.40030.8113-11.491928.756306.2803
27.17510.7933-4.90776.1138-2.36878.2059-0.40251.20670.1184-0.68051.0152-0.6311-0.7021.0116-0.5550.7808-0.31890.00511.3958-0.25650.669-13.070438.3449320.0527
31.99710.8237-0.59245.75651.4663.3371-0.54170.85910.2026-1.32060.65671.3356-0.87060.1806-0.09551.2744-0.3644-0.32571.45850.21710.9266-31.551438.9853305.4643
42.362-0.9874-0.90276.98440.7047.88760.1361-0.8067-0.36780.48090.0931-0.63490.38231.176-0.21490.3503-0.0131-0.06910.9416-0.00170.6757-7.370933.3745351.9477
58.3602-2.2765-2.41135.2347-4.61276.86180.07510.9713-0.3254-0.1964-0.5334-0.611-0.41650.80460.47240.4466-0.0948-0.08190.9692-0.16340.623-11.368435.7367338.2668
63.0173-2.0088-0.48266.49082.04957.12330.12650.4725-0.032-0.48890.09510.0725-0.218-0.4767-0.30010.3132-0.03220.01350.78770.00130.6338-19.365140.3088341.9566
77.69083.91071.25656.56062.10192.74090.1469-0.66141.4058-0.1125-0.27020.4307-0.4071-0.51310.11680.43380.05240.07320.9917-0.10910.9078-17.4255.7152353.3546
84.511-0.2823-0.388.6550.21292.40690.06070.10390.2771-0.2853-0.2930.20440.00690.1650.21880.3495-0.01450.01610.92880.05830.660417.420336.4576341.2341
92.095-0.0661-0.5452.54432.52917.43340.0652-0.6380.5930.4161-0.2622-0.12020.18450.2710.20110.4664-0.1295-0.03871.17170.00340.96325.013943.8696360.1622
106.9439-0.61640.14067.1303-2.09672.43020.31070.7122-0.5835-1.2319-0.19490.28861.16350.4663-0.02371.07370.1426-0.03351.0438-0.10220.616916.2867-1.932341.0483
117.31694.1486-1.95628.8063-5.58318.00870.01320.38710.5645-0.5734-0.3272-0.21040.50880.89340.13870.56950.06820.11060.6941-0.01970.563815.104413.4407342.9246
121.8520.8242.00686.6335-2.10094.91590.60220.35130.2425-0.3654-0.908-0.62320.47131.42250.22050.63680.15850.1060.98550.12610.539723.09688.2116350.8973
138.7954-2.5338-1.9753.33413.23883.40970.4160.4523-0.3409-0.37930.1008-0.89810.66231.9984-0.49851.12650.53410.03411.82540.10150.913438.3859-2.0807350.0821
146.1366-1.2944-2.46856.91542.992.2566-0.22090.6069-0.18310.2573-0.0587-1.34371.09332.5280.31951.09170.42930.02211.85030.09280.867224.01075.258318.2716
152.17754.13630.24149.80990.29667.11990.2576-1.2628-0.0519-0.4968-0.72470.26741.7290.66230.57051.13980.1325-0.03311.07630.0010.638811.05614.0467312.8274
167.1921-3.7359-1.52726.7622.49517.05150.46011.3247-0.0957-0.9184-0.7739-0.62562.49991.6360.29941.45420.59180.16761.58470.14830.702615.67130.2904304.2209
172.02770.10530.30370.16830.43431.0560.7640.73860.121-0.3553-0.2495-0.540.55170.2781-0.53271.49070.55130.1721.6760.15320.795418.5194-2.5911295.2304
185.3197-1.31420.76328.32681.01582.54750.6561-1.3251-0.0495-0.3698-0.20381.00640.7386-1.4494-0.18180.883-0.58850.04731.9037-0.10270.8073-21.47677.1471311.8951
195.8958-2.70130.99418.1110.78843.56750.0605-1.69470.34140.3141-0.2740.09650.9622-1.3214-0.15350.9942-0.37270.08691.8214-0.11130.781-17.080410.4114317.8301
207.94640.022-2.89682.1423-4.14212.05620.3437-1.4944-0.78360.34850.06420.24931.4614-0.40950.051.447-0.3163-0.00611.1690.01550.6905-4.9596-0.3474319.3723
212.125-1.64293.14292.7256-2.04187.45870.2751-0.1937-0.5546-0.48890.0920.9831.3191-1.3535-0.35671.3284-0.6801-0.04641.6518-0.13981.2101-24.1549-2.8868300.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 88:154 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 155:249 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 250:399 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 88:154 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 155:193 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 194:272 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 273:399 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 88:249 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 250:399 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 88:171 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESID 172:193 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESID 194:272 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN D AND (RESID 273:395 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESID 90:154 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESID 155:237 )E0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND (RESID 238:313 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN E AND (RESID 314:371 )E0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND (RESID 95:125 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN F AND (RESID 126:171 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN F AND (RESID 172:249 )F0
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN F AND (RESID 277:399 )F0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る