PDB-4l4q: Methionine Adenosyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4q

タイトル

Methionine Adenosyltransferase

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / cytoplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schlesier, J. / Siegrist, J. / Gerhardt, S. / Andexer, J.N. / Einsle, O.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural and functional characterisation of the methionine adenosyltransferase from Thermococcus kodakarensis.
著者: Schlesier, J. / Siegrist, J. / Gerhardt, S. / Erb, A. / Blaesi, S. / Richter, M. / Einsle, O. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2013年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4q.cif.gz	626.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4q.ent.gz	524.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l4q_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l4q_full_validation.pdf.gz	481.3 KB	表示
XML形式データ	4l4q_validation.xml.gz	63.4 KB	表示
CIF形式データ	4l4q_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s81-d 4hpv-1 4l2z-1 4l7i-1 4k0b-1 4ws9-1 4ws9-3 6z9a-d 3mm9-d 3mmb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

179 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.839, 57.792, 236.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase 分子量: 44672.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: mat, metK, TK0545 / プラスミド: pET28+::metK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CodonPlus-RP / 参照: UniProt: Q5JF22, methionine adenosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase

分子量: 44672.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: mat, metK, TK0545 / プラスミド: pET28+::metK / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CodonPlus-RP / 参照: UniProt: Q5JF22, methionine adenosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES/NaOH pH 7.5, 35% pentaerythritol, propoxylate, 3% (w/v) sucrose, 0.2 M potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月2日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 120317 / Num. obs: 119397 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.69 % / B_iso Wilson estimate: 40.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.1012 / Net I/σ(I): 9.17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ALBULA		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→46.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 10.236 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24463	5999	5 %	RANDOM
R_work	0.18685	-	-	-
all	0.18966	120317	-	-
obs	0.18966	113983	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.991 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	-0 Å²	0.18 Å²
2-	-	2.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12487	0	0	654	13141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	12744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	1.973	17271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	28871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.93	5	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.505	24.973	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.588	15	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.86	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	444	-
R_work	0.295	8362	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1167	0.1092	-0.1989	0.1608	-0.0252	1.0283	0.0825	0.0219	-0.0562	0.0251	-0.0477	-0.1172	-0.3486	-0.2007	-0.0349	0.1399	0.0884	-0.0163	0.1044	0.0472	0.1333	23.8757	11.5171	34.1008
2	0.228	0.0607	-0.1454	0.1146	-0.0129	0.9637	-0.0536	0.0431	-0.0419	-0.0205	-0.0756	-0.1095	0.2473	-0.3525	0.1292	0.0959	-0.052	0.0159	0.2149	0.0024	0.1609	19.3405	-11.6837	29.0706
3	0.1647	-0.0485	-0.1908	0.0813	0.0531	0.9988	0.0693	0.1244	0	0.0664	-0.1071	-0.0564	-0.3662	-0.3546	0.0378	0.2472	0.0341	-0.0814	0.2364	0.0392	0.0569	6.1938	5.1801	82.3503
4	0.1958	-0.0255	-0.2883	0.0821	0.0337	1.1017	-0.0907	0.077	0.0063	0.0908	-0.0687	-0.0804	0.2995	-0.1875	0.1594	0.1687	-0.1281	-0.035	0.1264	0.0239	0.129	12.2981	-18.0828	79.881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 405
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 405
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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