[日本語] English
万見
- PDB-4kvs: Crystal Structure of Prochlorococcus marinus aldehyde-deformylati... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kvs
タイトルCrystal Structure of Prochlorococcus marinus aldehyde-deformylating oxygenase (mutant A134F)
要素Aldehyde decarbonylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Propane production / Aldehyde-deformylating oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde oxygenase (deformylating) / : / : / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOIC ACID / : / Aldehyde decarbonylase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Levy, C.W. / Khara, B. / Menon, N. / Mansell, D. / Das, D. / Marsh, E.N.G. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Production of propane and other short-chain alkanes by structure-based engineering of ligand specificity in aldehyde-deformylating oxygenase.
著者: Khara, B. / Menon, N. / Levy, C. / Mansell, D. / Das, D. / Marsh, E.N. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aldehyde decarbonylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5694
ポリマ－27,3411
非ポリマー2283
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aldehyde decarbonylase
ヘテロ分子

A: Aldehyde decarbonylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1388
ポリマ－54,6822
非ポリマー4566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1840 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.060, 77.060, 115.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-582-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aldehyde decarbonylase / AD / Fatty aldehyde decarbonylase


分子量: 27341.070 Da / 分子数: 1 / 変異: A134F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus (バクテリア)
株: MIT 9313 / 遺伝子: PMT_1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q7V6D4, aldehyde oxygenase (deformylating)
#2: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M SPG buffer, and 25 % w/v PEG 1500 Drop size 200nl plus 200nl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月30日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→54.49 Å / Num. obs: 41207
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / Num. unique all: 4059 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→54.49 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 2071 5.03 %Random
Rwork0.1792 ---
obs0.1796 41207 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→54.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 10 283 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0312504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.89699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004325
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.70890.23111280.22212586X-RAY DIFFRACTION100
1.7089-1.75160.22621390.21242560X-RAY DIFFRACTION100
1.7516-1.7990.28271320.21662549X-RAY DIFFRACTION100
1.799-1.85190.23351580.2012544X-RAY DIFFRACTION100
1.8519-1.91170.2561490.19792562X-RAY DIFFRACTION100
1.9117-1.980.21071260.19532587X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.05930.24351280.18872571X-RAY DIFFRACTION100
2.0593-2.1530.19211300.18172606X-RAY DIFFRACTION100
2.153-2.26650.16921510.17022584X-RAY DIFFRACTION100
2.2665-2.40850.16381420.1742595X-RAY DIFFRACTION100
2.4085-2.59450.20841420.17712588X-RAY DIFFRACTION100
2.5945-2.85560.20691320.17962625X-RAY DIFFRACTION100
2.8556-3.26870.1891420.18282640X-RAY DIFFRACTION100
3.2687-4.11810.16161370.16882686X-RAY DIFFRACTION100
4.1181-54.51860.16191350.17452853X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る