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- PDB-4k6o: X-ray structure uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k6o
タイトルX-ray structure uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complex with 6-methyluracil at 1.17 A resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine catabolic process / uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-methylpyrimidine-2,4-diol / ETHANOL / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray study of Vibrio cholerae uridine phosphorylase in complex with 6-methyluracil.
著者: Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Dontsova, M.V. / Seregina, T.A. / Mironov, A.S. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Data collection / Database references
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,46860
ポリマ－162,6546
非ポリマー2,81454
水44,7132482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28880 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area45090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.012, 97.100, 93.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: udp / プラスミド: pMZ21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K4U1, uridine phosphorylase

-
非ポリマー , 9種, 2536分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-6MU / 6-methylpyrimidine-2,4-diol / 6-メチルウラシル


分子量: 126.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 286 K / pH: 8.5
詳細: PEG4000, 0.1M TRIS-HCl, 0.2M MgCl2x6H2O, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.826 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→80.56 Å / Num. obs: 449315 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 11.95
反射 シェル解像度: 1.17→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / % possible all: 55.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IP0

4ip0


解像度: 1.17→40.28 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.128 22536 5.02 %
Rwork0.108 --
obs0.11 449273 94.1 %
all-477950 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→40.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11243 0 161 2482 13886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01613050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18517980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0465038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052332
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.172-1.18530.16993230.1547618141
1.1853-1.19920.15875880.12891166377
1.1992-1.21380.14216850.12511339088
1.2138-1.22920.15077630.12011426495
1.2292-1.24540.13867530.11451454796
1.2454-1.26240.14198090.11141434996
1.2624-1.28050.14337450.11281464596
1.2805-1.29960.14497410.11141446096
1.2996-1.31990.13357750.1071457796
1.3199-1.34150.13647820.10721450096
1.3415-1.36470.13267460.10511450096
1.3647-1.38950.12797660.11447695
1.3895-1.41620.12147810.09821457597
1.4162-1.44510.1287520.09711473197
1.4451-1.47660.12387520.09521474897
1.4766-1.51090.1247420.09011467197
1.5109-1.54870.10777970.0861468297
1.5487-1.59060.10977560.0851472498
1.5906-1.63740.11357640.08681446295
1.6374-1.69020.10888040.09031474498
1.6902-1.75060.12348530.0931475198
1.7506-1.82070.12567980.09711472698
1.8207-1.90360.11717890.09691486898
1.9036-2.0040.12247300.09991484398
2.004-2.12950.11547750.10131461396
2.1295-2.29390.12598310.10551484598
2.2939-2.52470.12568100.10951489698
2.5247-2.890.13327520.11991486098
2.89-3.64070.13167660.11661472097
3.6407-40.30620.14078080.13571472696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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