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- PDB-4k0d: Periplasmic sensor domain of sensor histidine kinase, Adeh_2942 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k0d
タイトルPeriplasmic sensor domain of sensor histidine kinase, Adeh_2942
要素Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helical bundle sensor domain / Periplasmic sensor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1730 / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1730 / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Mack, J.C. / Bearden, J. / Rakowski, E. / Schiffer, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2013
タイトル: Analysis of periplasmic sensor domains from Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C: structure of one sensor domain from a histidine kinase and another from a chemotaxis protein.
著者: Pokkuluri, P.R. / Dwulit-Smith, J. / Duke, N.E. / Wilton, R. / Mack, J.C. / Bearden, J. / Rakowski, E. / Babnigg, G. / Szurmant, H. / Joachimiak, A. / Schiffer, M.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Structure summary
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
B: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,06314
ポリマ－31,4532
非ポリマー61012
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
2
A: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
B: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子

A: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
B: Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,12628
ポリマ－62,9064
非ポリマー1,22024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area11290 Å2
ΔGint-546 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.693, 75.184, 51.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic sensor hybrid histidine kinase


分子量: 15726.584 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic sensor domain (UNP residues 33-184) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)
株: 2CP-C / 遺伝子: Adeh_2942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IDQ5

-
非ポリマー , 5種, 223分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Wizard II no.11 (10% 2-propanol, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M zinc acetate), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 37922 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1313 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→29.882 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogens were added in riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 1940 5.14 %random
Rwork0.198 ---
obs0.2006 37771 88.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.141 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7208 Å20 Å2-14.6705 Å2
2---18.0991 Å2-0 Å2
3---17.3784 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→29.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 18 211 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6572869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.935747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9969-2.06830.38051350.27272297X-RAY DIFFRACTION57
2.0683-2.15110.33181510.25533105X-RAY DIFFRACTION76
2.1511-2.24890.32381790.23683288X-RAY DIFFRACTION83
2.2489-2.36750.27221960.21893586X-RAY DIFFRACTION89
2.3675-2.51570.26681930.23133822X-RAY DIFFRACTION94
2.5157-2.70980.32672290.22243811X-RAY DIFFRACTION95
2.7098-2.98230.24212040.19863918X-RAY DIFFRACTION96
2.9823-3.41330.23512120.194021X-RAY DIFFRACTION99
3.4133-4.29840.21692200.16874007X-RAY DIFFRACTION99
4.2984-29.88550.22072210.1843976X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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