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万見
- PDB-4je9: Crystal structure of an engineered metal-free RIDC1 construct wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4je9
タイトルCrystal structure of an engineered metal-free RIDC1 construct with four interfacial disulfide bonds
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Medina-Morales, A.M. / Perez, A. / Brodin, J.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: In Vitro and Cellular Self-Assembly of a Zn-Binding Protein Cryptand via Templated Disulfide Bonds.
著者: Medina-Morales, A. / Perez, A. / Brodin, J.D. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5834
ポリマ－23,3502
非ポリマー1,2332
水64936
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1678
ポリマ－46,7014
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3790 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.166, 87.788, 96.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11675.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-128
変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, E81C, T96C, R98C, Y101C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 30% methyl-pentanediol, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日 / 詳細: K-B FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.023 Å / Num. obs: 13444 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQ6

3iq6


解像度: 2.12→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 18.957 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 964 7.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.234 13425 97.3 %-
all-13444 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-0 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 86 36 1752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8772.0912423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1965214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.00826.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.13515289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.121154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7941.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36921694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.393700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3364.5727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
422tight positional0.220.05
378medium positional0.430.5
422tight thermal1.050.5
378medium thermal1.422
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 55 -
Rwork0.335 675 -
obs--70.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1167-0.48010.174711.1751.05741.8335-0.0560.0591-0.2313-0.1509-0.0451-0.5607-0.02130.31840.1010.2126-0.11060.05150.1671-0.00270.237212.412-21.6027-14.1201
26.1707-0.6882-1.54535.72870.44664.54930.37550.21310.72880.1009-0.17270.1599-0.2932-0.5954-0.20270.2135-0.05390.11250.14570.04270.245-9.2026-28.3126-12.0928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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