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- PDB-4ieh: Crystal Structure of human Bcl-2 in complex with a small molecule... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ieh
タイトルCrystal Structure of human Bcl-2 in complex with a small molecule inhibitor targeting Bcl-2 BH3 domain interactions
要素Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / protein-protein interaction / alpha helical / pro-apoptosis / cytochrome c release / caspase activation / BIM / BAK / BAD / PUMA / APOPTOSIS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / focal adhesion assembly / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / oocyte development / B cell apoptotic process / metanephros development / neuron maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / calcium ion transport into cytosol / response to UV-B / negative regulation of ossification / response to iron ion / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / Bcl-2 family protein complex / axon regeneration / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / hepatocyte apoptotic process / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / T cell homeostasis / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1E9 / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xie, X. / Kulathila, R.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: The role of the acidity of N-heteroaryl sulfonamides as inhibitors of bcl-2 family protein-protein interactions.
著者: Toure, B.B. / Miller-Moslin, K. / Yusuff, N. / Perez, L. / Dore, M. / Joud, C. / Michael, W. / DiPietro, L. / van der Plas, S. / McEwan, M. / Lenoir, F. / Hoe, M. / Karki, R. / Springer, C. / ...著者: Toure, B.B. / Miller-Moslin, K. / Yusuff, N. / Perez, L. / Dore, M. / Joud, C. / Michael, W. / DiPietro, L. / van der Plas, S. / McEwan, M. / Lenoir, F. / Hoe, M. / Karki, R. / Springer, C. / Sullivan, J. / Levine, K. / Fiorilla, C. / Xie, X. / Kulathila, R. / Herlihy, K. / Porter, D. / Visser, M.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5142
ポリマ－19,6401
非ポリマー8741
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.529, 73.529, 96.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2, Bcl-2-like protein 1 chimera / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 19639.832 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L, BCL2L1, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-1E9 / N-(6-{4-[(4'-chlorobiphenyl-2-yl)methyl]piperazin-1-yl}-1,1-dioxido-1,2-benzothiazol-3-yl)-4-{[(2R)-4-(dimethylamino)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-nitrobenzenesulfonamide


分子量: 874.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44ClN7O6S3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-34 OF BCL-2 (UNP P10415), RESIDUES 29-44 OF BCL-X (UNP ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-34 OF BCL-2 (UNP P10415), RESIDUES 29-44 OF BCL-X (UNP Q07817), AND RESIDUES 92-207 OF BCL-2 (UNP P10415).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6
詳細: 0.05 M succinic acid, 0.25 M sodium malonate, 12% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.1 Å / Num. obs: 15960 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 558 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.74 Å / SU ML: 0.23 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 798 5 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
all0.1807 15959 --
obs0.1807 15959 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.182 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7199 Å2-0 Å20 Å2
2---3.7199 Å2-0 Å2
3---7.4398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1157 0 59 184 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.981713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.356442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.23160.25281290.201824542454100
2.2316-2.40390.26381300.180324822482100
2.4039-2.64580.21131320.17524942494100
2.6458-3.02850.18931320.17425122512100
3.0285-3.81540.18761340.157925442544100
3.8154-45.75120.23181410.1842675267599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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