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- PDB-4hfu: Crystal structure of Fab 8M2 in complex with a H2N2 influenza vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfu
タイトルCrystal structure of Fab 8M2 in complex with a H2N2 influenza virus hemagglutinin
要素
  • Fab 8M2 heavy chain
  • Fab 8M2 light chain
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.106 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A recurring motif for antibody recognition of the receptor-binding site of influenza hemagglutinin.
著者: Xu, R. / Krause, J.C. / McBride, R. / Paulson, J.C. / Crowe, J.E. / Wilson, I.A.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
H: Fab 8M2 heavy chain
L: Fab 8M2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5755
ポリマ－104,1504
非ポリマー4241
水00
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
H: Fab 8M2 heavy chain
L: Fab 8M2 light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
H: Fab 8M2 heavy chain
L: Fab 8M2 light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
H: Fab 8M2 heavy chain
L: Fab 8M2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,72415
ポリマ－312,45112
非ポリマー1,2733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area49620 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area113210 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
H: Fab 8M2 heavy chain
L: Fab 8M2 light chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)627,44930
ポリマ－624,90224
非ポリマー2,5466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area104490 Å2
ΔGint-558 kcal/mol
Surface area221160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.590, 129.590, 536.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 36573.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Japan/305+/1957(H2N2) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q67085, UniProt: P03451*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 20139.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Japan/305+/1957(H2N2) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q67085, UniProt: P03451*PLUS
#3: 抗体 Fab 8M2 heavy chain


分子量: 23988.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab 8M2 light chain


分子量: 23448.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.47 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG6000, 0.1 M Na citrate, pH 4 and 1 M LiCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 14.08 / 数: 277788 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.03 / D res high: 3.1 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 30241 / % possible obs: 94.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.674599.110.0541.0449.8
5.36.6710010.0841.05210.3
4.635.310010.0920.98610.4
4.214.6310010.1150.99910.4
3.914.2110010.1740.95510.4
3.683.9110010.2531.05310.1
3.493.6810010.3071.0969.2
3.343.4998.410.3581.0827.4
3.213.3485.110.3031.0666.1
3.13.216310.3151.0085.9
反射解像度: 3.1→45 Å / Num. obs: 30241 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.215.90.31519851.008163
3.21-3.346.10.30326711.066185.1
3.34-3.497.40.35831051.082198.4
3.49-3.689.20.30731751.0961100
3.68-3.9110.10.25331421.0531100
3.91-4.2110.40.17431710.9551100
4.21-4.6310.40.11531870.9991100
4.63-5.310.40.09232120.9861100
5.3-6.6710.30.08432371.0521100
6.67-459.80.05433561.044199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.71 Å41.9 Å
Translation2.71 Å41.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8_1063精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.106→41.898 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8378 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1373 5.03 %
Rwork0.1925 --
obs0.1953 27299 85.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 279.54 Å2 / Biso mean: 63.0562 Å2 / Biso min: 13.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.106→41.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7211 0 28 0 7239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75310083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9982718
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1058-3.21680.247240.259136138512
3.2168-3.34560.3519790.25141326140545
3.3456-3.49770.34551410.26322882302396
3.4977-3.68210.28331610.228230013162100
3.6821-3.91260.25941620.205629943156100
3.9126-4.21440.23931400.179730363176100
4.2144-4.6380.20911620.151330273189100
4.638-5.3080.21991730.15230323205100
5.308-6.68320.22911650.18230763241100
6.6832-41.90220.23121660.18513191335799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1627-0.0131-0.08890.3075-0.09690.2349-0.0657-0.04290.07960.09160.0088-0-0.46770.2268-0.21270.561-0.2437-0.11080.2839-0.12550.33259.710417.4291114.0919
20.8615-0.20991.57140.52730.52944.6235-0.0077-0.27570.5013-0.1476-0.1613-0.137-0.55120.098-0.06420.3199-0.2282-0.01410.37850.13780.363818.50218.606168.8532
30.6159-0.11470.33111.24530.24751.3121-0.0123-0.0093-0.0359-0.2314-0.0637-0.1405-0.15150.40340.05150.2349-0.07570.03910.25790.10180.270416.42039.078553.4668
41.1332-0.0162-0.3490.70550.16012.16110.11660.00220.0941-0.018-0.114-0.0733-0.77040.4714-0.02830.259-0.1154-0.05830.22830.02710.262211.954415.664196.7699
50.1640.14230.541.87170.49291.7682-0.2124-0.05220.3170.0664-0.1760.0847-0.72230.23460.04220.4294-0.0207-0.04290.3447-0.03760.30199.0714.2691132.2673
60.49010.19241.26150.67060.86613.50050.06290.00920.00040.1385-0.0749-0.31360.14360.5922-0.30090.1855-0.0724-0.03980.4602-0.01460.29216.9219.1792126.1375
71.01680.2125-2.15980.0501-0.41694.7928-0.0910.06190.1716-0.0180.15830.18760.13290.21660.12150.1443-0.0189-0.02380.3031-0.06730.435812.63363.606191.4081
85.719-0.0358-3.17972.13251.60433.37770.0747-0.00950.41680.13020.0013-0.3001-0.40030.10190.13290.466-0.1459-0.01660.45080.16890.67481.69719.218272.2154
90.4438-0.08270.38250.39940.232.9026-0.0087-0.01280.05270.19380.00560.0293-0.13840.02940.05520.1745-0.0527-0.07290.25240.00690.16972.89626.3555115.5808
102.52671.19872.79760.9681.27463.1477-0.07180.18310.13180.1572-0.0155-0.2996-0.18010.2683-0.00890.4957-0.0715-0.00150.3962-0.07280.465811.973511.2152151.7967
111.61310.15280.07590.89970.42980.74430.0443-0.0715-0.1110.26850.0273-0.4055-0.03620.47980.00890.5501-0.0699-0.11150.6268-0.11050.358320.11496.7825146.0518
124.62211.881-0.90480.7899-0.60482.67470.1787-0.1933-0.12210.2378-0.019-0.18690.30840.3177-0.02930.5961-0.1766-0.17340.5692-0.06540.327810.05734.6616158.6109
130.30540.2224-0.23430.4177-0.2130.78690.1738-0.12370.17680.2377-0.08670.066-0.3560.0378-0.56510.6237-0.18680.11030.29970.11520.339719.940736.268223.2417
141.9318-0.4127-0.68983.7702-1.05461.20340.0274-0.04360.01650.1254-0.0770.0128-0.4008-0.1118-0.01050.5777-0.05550.09490.15620.05450.272811.175630.438329.7862
151.813-0.53070.95151.96830.10234.52060.2169-0.0592-0.0818-0.3279-0.1929-0.22660.18540.0953-0.04420.4096-0.19510.03090.25350.04290.257913.692620.264826.1818
160.637-0.1032-0.56290.6746-0.65321.44540.0857-0.0926-0.0450.2097-0.0552-0.1768-0.36370.30740.24940.6156-0.06590.0110.22550.08140.30814.112730.946227.7756
171.1819-0.7678-0.00532.2467-0.08871.1774-0.3358-0.06740.13350.46520.18220.3786-0.3534-0.1529-0.06130.55270.04720.04330.19370.08850.31165.882751.3642-0.612
181.4033-0.58690.66610.8681-0.4490.9384-0.13710.04780.2443-0.0613-0.0125-0.3275-0.33990.03130.04310.5326-0.1132-0.11920.27590.07560.38359.852158.397-5.2156
191.12680.60.59071.5295-0.43040.76850.3680.15330.0852-0.00870.11790.4345-0.3616-0.35040.02150.79230.19470.1180.62180.31310.5453-11.859936.948124.061
200.5373-0.03230.46320.4018-0.47931.54430.3069-0.08090.09220.01250.12260.317-0.3806-0.4991-0.11480.75650.21010.20490.35410.18980.3646-6.369936.136733.1281
211.0511-1.09780.63115.13580.35950.73540.43640.1230.43490.13850.10980.0892-0.6058-0.25750.10650.99280.21040.24740.52230.25050.5833-5.721842.850328.0438
221.7661-1.7966-0.40474.39760.58940.26270.47280.2185-0.0772-0.28770.11230.40920.074-0.35-0.13410.5732-0.0267-0.08680.41550.24720.4049-0.618325.368229.3627
230.0991-0.07840.08380.1158-0.01590.1209-0.064-0.0277-0.0810.0622-0.0204-0.05940.04450.0659-0.11290.75820.1660.31260.51670.34670.808-13.470448.984114.3092
243.8192-0.7992-0.88341.61260.03672.01380.17390.2290.4347-0.17710.1579-0.0127-0.5028-0.265-0.19320.2862-0.04450.08350.4624-0.04880.38162.884746.9337-10.8761
252.0733-0.3945-1.11280.4755-0.2351.0975-0.26550.2577-0.41480.48390.12110.74230.2657-0.48960.09950.4315-0.06140.1880.31670.16770.6854-5.274940.0805-0.9909
261.5153-0.7445-0.52481.71880.28060.4516-0.0967-0.05740.36520.19740.0560.0306-0.3095-0.18590.03790.89680.35630.16980.4890.14610.7969-6.044352.834412.2498
270.13030.15990.33850.89320.48090.8814-0.1810.5146-0.52120.2141-0.25530.4605-0.1197-0.66620.0750.2697-0.02480.03420.6002-0.08250.5808-1.592138.3521-10.4969
280.23040.16320.59380.91971.15072.1915-0.27740.2464-0.1390.3647-0.35670.59230.4569-0.63510.26930.7332-0.03360.15031.1925-0.06750.9036-13.200943.2344-6.7182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 9:55)A9 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 56:99)A56 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 100:269)A100 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 270:324)A270 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1:26)B1 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 27:57)B27 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 58:67)B58 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 68:74)B68 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 75:137)B75 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 138:145)B138 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 146:158)B146 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 159:172)B159 - 172
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resseq 2:25)H2 - 25
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resseq 26:52)H26 - 52
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resseq 53:66)H53 - 66
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resseq 67:111)H67 - 111
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resseq 112:188)H112 - 188
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resseq 189:215)H189 - 215
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resseq 1:18)L1 - 18
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resseq 19:75)L19 - 75
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resseq 76:90)L76 - 90
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resseq 91:102)L91 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resseq 103:113)L103 - 113
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resseq 114:128)L114 - 128
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resseq 129:163)L129 - 163
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resseq 164:174)L164 - 174
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resseq 175:197)L175 - 197
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resseq 198:212)L198 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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