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- PDB-4h2l: Deer mouse hemoglobin in hydrated format -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h2l
タイトルDeer mouse hemoglobin in hydrated format
要素
  • Alpha-globin
  • Beta globin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Alpha-globin / Beta-globin
類似検索 - 構成要素
生物種Peromyscus maniculatus (ネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.779 Å
データ登録者Inoguchi, N. / Oshlo, J.R. / Natarajan, C. / Weber, R.E. / Fago, A. / Storz, J.F. / Moriyama, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Deer mouse hemoglobin exhibits a lowered oxygen affinity owing to mobility of the E helix.
著者: Inoguchi, N. / Oshlo, J.R. / Natarajan, C. / Weber, R.E. / Fago, A. / Storz, J.F. / Moriyama, H.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-globin
B: Beta globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0354
ポリマ－30,8022
非ポリマー1,2332
水7,837435
1
A: Alpha-globin
B: Beta globin
ヘテロ分子

A: Alpha-globin
B: Beta globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0708
ポリマ－61,6054
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11030 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.675, 80.061, 86.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21A-513-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-globin / Alpha-globin subunit / Hemoglobin alpha subunit 2 / Hemoglobin alpha-subunit


分子量: 14940.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peromyscus maniculatus (ネズミ) / 遺伝子: HBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4ZQ95
#2: タンパク質 Beta globin / Beta-globin subunit


分子量: 15862.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peromyscus maniculatus (ネズミ) / 遺伝子: HBB-T1, HBB-T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5MQT7
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 28% (w/v) PEG 3350 in 50 mM sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月7日
放射モノクロメーター: blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.779→29.433 Å / % possible obs: 98.53 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.7→1.9 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.779→29.433 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 1981 7.85 %
Rwork0.1619 --
obs0.165 25236 97.01 %
all-25631 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.779→29.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 86 435 2692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0643177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.022790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7787-1.82310.2651340.20051573X-RAY DIFFRACTION94
1.8231-1.87240.23391400.16421601X-RAY DIFFRACTION95
1.8724-1.92750.20171360.15621614X-RAY DIFFRACTION96
1.9275-1.98970.20741440.16651625X-RAY DIFFRACTION96
1.9897-2.06080.1921410.14991657X-RAY DIFFRACTION97
2.0608-2.14330.19581380.15251651X-RAY DIFFRACTION97
2.1433-2.24080.19751370.14811650X-RAY DIFFRACTION98
2.2408-2.35890.22771490.1571651X-RAY DIFFRACTION98
2.3589-2.50660.20751380.15791677X-RAY DIFFRACTION98
2.5066-2.70.21141460.16511689X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.97150.20941430.16641710X-RAY DIFFRACTION99
2.9715-3.40090.2111440.16381699X-RAY DIFFRACTION99
3.4009-4.28270.14831440.14711716X-RAY DIFFRACTION98
4.2827-29.43650.21191470.1811742X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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