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- PDB-4gsy: Crystal structure of thymidylate kinase from Staphylococcus aureu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsy
タイトルCrystal structure of thymidylate kinase from Staphylococcus aureus bound to inhibitor.
要素Thymidylate kinase
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Transferase / nucleotide binding / thymidylate kinase activity / ATP binding / kinase activity / transferase activity / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0Y5 / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Olivier, N.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Selective and Potent Inhibitors of Gram-Positive Bacterial Thymidylate Kinase (TMK).
著者: Martinez-Botella, G. / Breen, J.N. / Duffy, J.E. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I.K. / Green, O.M. / Guler, S. / Hentemann, M.F. / Hernandez-Juan, F.A. / Joseph-McCarthy, D. / Kawatkar, S. ...著者: Martinez-Botella, G. / Breen, J.N. / Duffy, J.E. / Dumas, J. / Geng, B. / Gowers, I.K. / Green, O.M. / Guler, S. / Hentemann, M.F. / Hernandez-Juan, F.A. / Joseph-McCarthy, D. / Kawatkar, S. / Larsen, N.A. / Lazari, O. / Loch, J.T. / Macritchie, J.A. / McKenzie, A.R. / Newman, J.V. / Olivier, N.B. / Otterson, L.G. / Owens, A.P. / Read, J. / Sheppard, D.W. / Keating, T.A.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9164
ポリマ－46,9092
非ポリマー1,0072
水2,972165
1
A: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9582
ポリマ－23,4551
非ポリマー5031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9582
ポリマ－23,4551
非ポリマー5031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.984, 90.635, 48.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 23454.586 Da / 分子数: 2 / 断片: Thymidylate Kinase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: SA0440, SAR0483, tmk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65249, UniProt: Q6GJI9*PLUS, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-0Y5 / 4-{[(3S)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]benzoic acid


分子量: 503.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24F3N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21-24% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl, 100 mM PCPT buffer , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→36.89 Å / Num. all: 41271 / Num. obs: 41239 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5952 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER精密化
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→36.89 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 2081 5.05 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
all0.1897 41271 --
obs0.1891 41239 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8023 Å20 Å2-9.651 Å2
2--6.9073 Å20 Å2
3----2.105 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3034 0 72 165 3271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d17.37
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 140 4.68 %
Rwork0.2408 2854 -
obs-2994 97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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