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- PDB-4gfv: PTPN18 in complex with HER2-pY1196 phosphor-peptides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gfv
タイトルPTPN18 in complex with HER2-pY1196 phosphor-peptides
要素
  • HER2-pY1196 phosphor-peptide
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
キーワードHYDROLASE/Peptide / phosphatase / tyrosine phosphorylation / hydrolase / HYDROLASE-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERBB signaling pathway / blastocyst formation / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Downregulation of ERBB2 signaling / nucleoplasm / nucleus ...negative regulation of ERBB signaling pathway / blastocyst formation / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Downregulation of ERBB2 signaling / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...: / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Wang, H.M. / Yang, F. / Du, Y.J. / Yang, D.X. / Zhang, Y. / Yu, X. / Sun, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: PTPN18-HER2 peptides
著者: Wang, H.M. / Yang, F. / Du, Y.J. / Yang, D.X. / Zhang, Y. / Yu, X. / Sun, J.P.
履歴
登録2012年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
E: HER2-pY1196 phosphor-peptide
F: HER2-pY1196 phosphor-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0654
ポリマ－69,0654
非ポリマー00
水2,144119
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
F: HER2-pY1196 phosphor-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5322
ポリマ－34,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18
E: HER2-pY1196 phosphor-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5322
ポリマ－34,5322
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.348, 91.341, 92.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 26:43 or resseq 46:62 or resseq...
211chain B and (resseq 26:43 or resseq 46:62 or resseq...

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 18 / Brain-derived phosphatase


分子量: 33733.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-300 / 変異: C229S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN18, BDP1 / プラスミド: PGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99952, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド HER2-pY1196 phosphor-peptide


分子量: 798.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 18%-22% PEG4K, 6% Jeffamine M 600, 0.1 M HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.98
シンクロトロンBSRF 3W1A21
検出器
タイプID検出器日付
SYNTEX1DIFFRACTOMETER2011年8月7日
SYNTEX2DIFFRACTOMETER2012年6月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
211
反射解像度: 2.095→80 Å / Num. obs: 36335 / % possible obs: 96.48 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 2.095→2.2786 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OC3

2oc3


解像度: 2.095→49.002 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Overall / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 1809 4.99 %
Rwork0.2459 --
obs0.2483 36238 95.59 %
all-36335 -
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.971 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.923 Å20 Å2-0 Å2
2--13.7246 Å20 Å2
3----2.8016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→49.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 0 119 4797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2776318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3871697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005816
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1971X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1971X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.095-2.17010.44471650.39953180X-RAY DIFFRACTION89
2.1701-2.2570.38391650.34683267X-RAY DIFFRACTION92
2.257-2.35970.35861790.31383327X-RAY DIFFRACTION94
2.3597-2.48410.35641730.28423397X-RAY DIFFRACTION95
2.4841-2.63970.29491740.26623425X-RAY DIFFRACTION96
2.6397-2.84350.31511820.25973430X-RAY DIFFRACTION96
2.8435-3.12960.27711950.23563513X-RAY DIFFRACTION98
3.1296-3.58240.26351840.20793573X-RAY DIFFRACTION99
3.5824-4.51290.24952090.18913585X-RAY DIFFRACTION99
4.5129-49.01520.24191830.20953732X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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